本地BLAST的使用方法及基本操作步骤

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BLAST+程序下载与安装

• BLAST+安装包下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/
• 根据自己的系统选择不同的安装包，若是windows则直接下载win64.exe版本，按常规软件安装步骤安装即可，但是注意安装时要选择将软件路径加到环境变量中。
• 若是ubuntu系统，可以直接输入 apt-get install ncbi-blast+ ，但这种方法下的不是最新版。
• 若是想要体验最新版，也可以下载最新版安装包进行安装。网上能找到安装教程如link.(注意将Blast+设置到环境变量中，以利于后续使用)。

基因组数据下载

• 首先要找到自己BLAST所要用到的目标基因组，可以在如下链接找到各种分类的物种基因组信息https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse#!/overview/
• 根据其中的分类找到自己需要的，并且下载对应的索引文件，这些在网页上都是能轻松操作的哈。我就是直接下载了prokaryotes.csv的文件，其中包含了ncbi已记录的原核生物的基因组信息。
• 根据下载的索引文件获取基因组下载链接。索引文件中的GenBank FTP或者RefSeq FTP记录了基因组文件的存放位置，对这两列的地址进行处理即可。如Escherichia coli O157:H7 str. Sakai的GenBank FTP为：
  ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/008/865/GCA_000008865.2_ASM886v2
  打开这个链接可知其基因组链接为：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/008/865/GCA_000008865.2_ASM886v2/GCA_000008865.2_ASM886v2_genomic.fna.gz
  可以发现FTP中的最后一项重复一次再加上_genomic.fna.gz即为基因组文件即**.fna**文件的链接，因此使用编程软件获得所有基因组链接便轻而易举。获得下载链接后使用wget批量下载即可。

此处列出本人使用python操作的步骤(本人编程能力很差，多担待)：

import pandas as pd                      # 导入pandas库
import os                                # 导入os库，python调用linux shell时需要用到