网页版blast构建

　　之前做网站，要构建一个网页版的blast，我是一脸懵逼，这东西咋做，我只会在NCBI上用啊，网上找的资料基本还都是如何使用blast我就更懵逼了，问了同学，打开了思路，biopython上有相关函数但是好慢好卡，还容易崩，我又问问了，在本地下载个blast+再写个函数，跑就完事了，最后分析下结果，反正能比对就ok了，按着这思路，就做了如下的工作。

　　1.下载blast+

　　　ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 下载对应的版本并进行安装

　　2.网页部分的构建

　　　因为只需要blastn的功能，所以仿照blastn界面谢了一个界面

　　　2.1 涉及到参数及设计

　　　　序列输入  =》 -query <file_in> 输入你要查找的序列，将上传的序列文件名放进去，最好是绝对路径

　　　　查询范围  =》 -query_loc <n-x> 需要查找的位置（start-stop） ps:start/stop输入是数字型

　　　　查询类型  =》 -task <string> 选择查询的类型，blastn下有好几种类型"blastn","blastn-short","megablast"各有有缺

　　　　保留阈值  =》 -evalue 保留匹配的阈值，自己设定，一般默认是10

　　　　匹配长度  =》 -word_size <integer,>=4> 设置最佳匹配长度

　　　　匹配得分  =》 -reward <int,>=0> 匹配上的得分

　　　　错配罚分  =》 -penalty <int,>=0> 错配的罚分

　　　　open gap  =》 -gapopen<int> open gap 分数

　　　　extend gap =》 -gapextend<int> extend gap分数

　　　　筛选    =》 -dust<str> "yes"or"no" 筛选低复杂区域

　　　　结果输出  =》 -outfmt 输出结果格式

　　　　　　　　　　　我用的是 -6 用"\t"格式分割  -7 用"\t"分割，包含注释

　　　　　　　　　　　输出还有一些列格式，没怎么用到，所以不赘述

　　　　-6 输出一般是12列

　　　　Queryid（查询id）　　Subject id（比对上的id） 　　identity（配对一致性%）　　alignment length(比对上的区域长度)　　mismatches(错配数)

　　　　gap open　　q.start（匹配上的查询序列起点）　　q.end（匹配上查询序列终点）　　s.start(匹配上目标序列的起点)　　s.end(匹配上目标序列的终点)

　　　　e-value　　bitscore(比对上的的得分)

　　3.构建自己的库

　　　载入自己的需要的fa数据作为库 blastn 只要nucl库

　　　命令：makeblastdb.exe -in 基因组genomic.fna -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl -out 自定义库名

　　4.写程序获取上传的信息

　　　我用的是python,切换到blast+所在文件夹/bin/下

　　　"""blastn -query %s  -db %s -out %s -task %s -evalue %d -word_size %d -reward %d -penalty %d -gapopen %d -gapextend %d -dust %s -outfmt 6 """%(inname,db,outname,task,evalue,word_size,reward,penalty,gapopen,gapextend,dust)

　　　　设置好语句，就可以跑了

　　5.获取到结果，将结果循环展示到结果界面上

 

　　大概的构建过程就是这样，见仁见智。。记录一下，没白看。。。。

转载于:https://www.cnblogs.com/pipix/p/9929642.html