蛋白质序列比对

最新推荐文章于 2024-06-24 09:36:50 发布
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如何使用NCBI进行序列比对（alignment）？ - 知乎 (zhihu.com)
NCBI官网：National Center for Biotechnology Information (nih.gov)
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
注释：web blast代表不同的序列比对类型，nucleotide代表核酸序列比对；protein blast代表蛋白质序列比对
在这里插入图片描述
点进去之后，就出现了下面的比对工具，每一种工具都有自己的介绍，将鼠标放到工具名上边就可以。
在这里插入图片描述
结果展示：
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蛋白序列比对生成多序列比对（MSA）文件
qq_27390023的博客
11-03 1644
【代码】蛋白序列比对生成多序列比对（MSA）文件。
Seq-SetNet：直接利用多序列比对预测蛋白质二级结构
qq_48188830的博客
05-19 1414
这里提出的蛋白质二级结构和扭转角预测的结果突出了直接使用MSA作为序列集的特殊功能。Seq-SetNet利用深度网络可以从复杂的MSA数据中自动提取相关特征的能力，而无需任何手工特征。虽然在概念验证研究中，我们展示了Seq-SetNet在预测残基的二级结构和扭转角中的应用，但该概念和基本思想可以扩展到阐明残基-残基接触和距离。在未来的研究中，这将被纳入Seq-SetNet，这将极大地促进蛋白质结构预测。
开源项目推荐：Kalign——生物序列快速多序列比对工具
最新发布
gitblog_00005的博客
06-24 333
开源项目推荐：Kalign——生物序列快速多序列比对工具 项目地址:https://gitcode.com/TimoLassmann/kalign 在生命科学研究的浩瀚领域中，序列比对是解析遗传信息、进化关系和蛋白质功能的关键步骤。今天，我们带来了一款强大的开源工具——Kalign，为科研工作者们提供了一个高效且灵活的多序列比对解决方案。 项目介绍 Kalign是一款致力于快速执行生物序列多序列比...
蛋白序列相似度比对
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weixin_43745169的博客
05-26 5万+
蛋白序列相似度比对可以得到蛋白相似度信息，以及分析同源蛋白在进化过程中的序列保守型，预测可能存在蛋白结构域。 获得蛋白序列 氨基酸序列的获取可以直接通过 cDNA翻译，也可以直接从Uniport上直接获取氨基酸序列。 以拟南芥中FLS家族中的FLS1,FLS3,FLS4,FLS5,FLS6五个基因（FLS2明显不一样）为例： 直接搜索FLS1，即可得到下面页面： 很明显，第一个就是想要的蛋白。直...
MindSpore社区与北大BIOPIC联合发布蛋白质多序列比对开源数据集
Kenji_Shinji的博客
07-04 436
近日，MindSpore社区与北京大学生物医学前沿创新中心（BIOPIC）、北京大学化学与分子工程学院、深圳湾实验室高毅勤教授课题组联合推出蛋白质多序列比对（Protein MSA）数据集，希望在标准化的数据集基础上，支撑研究人员开发先进的AI模型，加深对蛋白质结构、功能和进化的认知，并进行蛋白设计与改造。此数据集的相关代码及数据集说明已依托于华为全场景AI框架MindSpore进行开源开放、定期扩展与维护，旨在为全世界相关的产、学、研团队提供优质的数据共享解决方案。规模最大、覆盖度最广的开源数据集本次开源
BLAST原理和用法总结(二）
withbeginner的博客
04-12 6452
LINUX生物信息技术课程笔记，BLAST本地和网页用法，原理见另一篇文章
Nat. Biotechnol. | 利用深度学习进行蛋白质同源性检测和结构比对
DrugAI
11-21 1142
今天为大家介绍的是来自Kyunghyun Cho和Richard Bonneau团队的一篇论文。在生物技术领域，挖掘序列（sequence）、结构（structure）和功能（function）之间的关系，需要更好的方法来比对那些与已经标注的蛋白质序列相似度较低的蛋白质。作者开发了两种深度学习方法来解决这一难题，即TM-Vec和DeepBLAST。TM-Vec允许在大型序列数据库中搜索结构-结构的相似性。它经过训练，能够直接从序列对预测TM分数，作为结构相似性的度量，无需中间计算或解析结构。
linnaeo：用于查看，分析和生成蛋白质序列比对的图
02-16
因此，Linnaeo旨在允许您： 在文件夹中存储和组织要跟踪的蛋白质序列使用MUSCLE算法从这些序列的不同组合动态生成（和组织）比对按残基类型，保守性或与参考序列相同的颜色导出这些路线以供其他喜欢的路线查看器...
deepblast:蛋白质序列比对的神经网络
05-09
仅从序列中学习蛋白质结构相似性。 我们的预印本可以在找到 安装 DeepBLAST可以通过以下方式从pip安装 pip install deepblast 要从开发分支运行安装 pip install git+...
ProteinEvolverABC:通过近似贝叶斯计算估计蛋白质序列比对中的重组和取代率
03-14
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生物序列比对
04-26
生物信息学的研究重点主要体现在基因组学和蛋白质学两方面,具体地说就是从核酸和蛋白质序列出发, 分析序列中表达结构和功能的生物信息。生物信息学的基本任务是对各种生物分析序列进行分析, 也就是研究新的计算机...
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04-26
MSAProbs是一种开放源代码的蛋白质多序列验证算法，与ClustalW，MAFFT，MUSCLE，ProbCons和Probalign相比，在流行的基准：BALIBASE，PREFAB，SABMARK，OXBENCH上达到了统计上最高的比对准确性。
论文研究-基于蛋白质CGR的线粒体蛋白质序列比对.pdf
09-12
首次给出了多输出广义部分Bent函数的定义并论证了其的存在，得到了多输出广义部分Bent函数的等价判别条件，给出了多输出p值广义部分Bent函数与多输出p值广义Bent函数的关系，并讨论了这两者的广义一阶Chrestenson谱...
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时间序列 预处理 python_【Python算法】时间序列预处理
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MMseqs2蛋白质序列快速高效比对工具
2401_83973943的博客
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AlignmentClustering###帮助文件最上面是关于主要工作流程模块的介绍。easy-search Sensitive homology search，高敏感度同源基因搜索easy-linsearch Fast, less sensitive homology search，较低敏感度同源基因搜索。
Linux最全MMseqs2蛋白质序列快速高效比对工具(3)，这篇文章可以满足你80%日常工作
2301_79054215的博客
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为了做好运维面试路上的助攻手，特整理了上百道，让你面试不慌心不跳，高薪offer怀里抱！这次整理的面试题，本份面试集锦涵盖了1、什么是运维?2、在工作中，运维人员经常需要跟运营人员打交道，请问运营人员是做什么工作的?3、现在给你三百台服务器，你怎么对他们进行管理?4、简述raid0 raid1raid5二种工作模式的工作原理及特点5、LVS、Nginx、HAproxy有什么区别?工作中你怎么选择?6、Squid、Varinsh和Nginx有什么区别，工作中你怎么选择?
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