linux运行blast,linux blast

建库

减压后，改名为blast，并在blas目录在建立db文件

1，建立数据库

makeblastdb -in db.fasta -dbtype nucl(prot) -parse_seqids -hash_index -out dbname

还有formatdb    http://boyun.sh.cn/bio/?p=1483

建立核算库：  formatdb -i  fa -p F -o T

2、比对

blastn为例：

blastn -query tese.fa -db dbname -out test.name -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 8 -max_target_seqs 5 #6是为一行一行的格式.7为带注释行的tab格式的输出 -num_threads 8 是用多少cup，-max_target_seqs 5 设置最多的的目标序列匹配数

blastall -i query.fasta -d database -o balast.out -p blastn -e 1e-10 -m 6

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