lammps教程：TIP5P水分子模拟

大家好，我是小马老师。

在lammps模拟中，常见的水分子结构为SPC/E、TIP3P和TIP4P，本文介绍另外一种水分子结构：TIP5P。

TIP5P水分子是在TIP3P模型基础上添加了两个额外的虚原子L，通常这两个虚原子质量忽略不计，其中氧原子的电荷被放置在这两个虚原子L上。

L与氧原子保持固定的距离，与TIP4P模型相比，TIP5P水分子更接近"四面体"。

TIP5P水分子结构如下图所示：

在模拟过程中，需要使用刚体命令来保证TIP5P水分子结构的稳定性，因此，在TIP5P分子模板中，不需要设置键角参数，仅需给出5个原子的坐标即可。
（1）TIP5P分子模板
下面是TIP5P分子模板代码，模板中一共有5个原子，3种原子类型。

# Water molecule. Explicit TIP5P geometry for use with fix rigid

5 atoms

Coords

1    0.00000  -0.06556   0.00000
2    0.75695   0.52032   0.00000
3   -0.75695   0.52032   0.00000
4    0.00000  -0.46971   0.57154
5    0.00000  -0.46971  -0.57154

Types

1        1   # O
2        2   # H
3        2   # H
4        3   # L
5        3   # L

Charges

1        0.000
2        0.241
3        0.241
4       -0.241
5       -0.241

（2）TIP5P势参数设置
TIP5P常用的一些参数如下图所示

（3）模拟案例
下面是一个TIP5P模拟案例，体系内添加了60个TIP5P水分子，模拟时使用fix rigid/nvt/small命令把水分子设置为刚体。

units real
atom_style charge
atom_modify map array
region box block -10 10 -5 5 -5 5
create_box 3 box

mass 1 15.9994
mass 2 1.008
mass 3 1.0e-100

pair_style lj/cut/coul/cut 8.0
pair_coeff 1 1 0.160  3.12
pair_coeff 2 2 0.0    1.0
pair_coeff 3 3 0.0    1.0

fix mol all property/atom mol
molecule water tip5p.mol
create_atoms 0 random 50 34564 NULL mol water 25367 overlap 1.33

timestep 0.5
dump 1 all atom 100 dump.xyz
fix integrate all rigid/nvt/small molecule temp 300.0 300.0 100.0
reset_timestep 0
velocity all create 300.0 5463576

thermo_style custom step temp press etotal density pe ke
thermo 1000
run 20000

TIP5P水分子的模拟可以帮助我们深入理解水的行为和性质。通过调整模型的参数，可以研究不同条件下水的行为，如温度、压力和溶质浓度等，揭示其在各种环境条件下的性质变化。

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