大家好,我是小马老师。
在lammps模拟中,常见的水分子结构为SPC/E、TIP3P和TIP4P,本文介绍另外一种水分子结构:TIP5P。
TIP5P水分子是在TIP3P模型基础上添加了两个额外的虚原子L,通常这两个虚原子质量忽略不计,其中氧原子的电荷被放置在这两个虚原子L上。
L与氧原子保持固定的距离,与TIP4P模型相比,TIP5P水分子更接近"四面体"。
TIP5P水分子结构如下图所示:
在模拟过程中,需要使用刚体命令来保证TIP5P水分子结构的稳定性,因此,在TIP5P分子模板中,不需要设置键角参数,仅需给出5个原子的坐标即可。
(1)TIP5P分子模板
下面是TIP5P分子模板代码,模板中一共有5个原子,3种原子类型。
# Water molecule. Explicit TIP5P geometry for use with fix rigid