Li‘s 核磁共振影像数据处理-26-ITK-SNAP半自动勾画病灶

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公众号：美好事物中转站
公众号回复“itksnap”获取测试文件。

Itk-snap半自动勾画病灶

测试用影像使用了itk-snap官方提供文件，公众号“美好事物中转站”回复“itknsap”可获取。
载入影像。用鼠标将影像文件或文件夹拖入ITK-SNAP即可。这里举例使用的的“A Aorta w-c 1.5 B20f 60%”文件夹。

进入半自动勾画模式。选择“snake”图标。

选择感兴趣区区域范围。可以使用鼠标选择，也可以通过键盘输入数字。

选好后，点击“Segment 3D”，进入半自动勾画流程。右侧会出现一个新的菜单栏。

正式开始半自动勾画流程前，可调整影像对比度，便于人眼观察。菜单栏“Tools”→“Image Contrast”选择自动调整“Auto-Adjust Contrast”或手动调整“Contrast Adjustment”。

调整右侧对话框的Threshold到合适的范围后，点“Next”进入下一步。

点击“Add Bubble at Cursor”或按回车键，在感兴趣区内添加“气泡”作为种子点。可通过“Bubble radius”调整气泡大小。

每一层添加2、3个以上气泡后，点击“Next”进入下一步，自动生长。

点击“进行键”开始生长，稳定后点击“停止键”。

检查无误后，点击“Finish”完成半自动病灶勾画。对于半自动勾画不完美的地方，使用手动勾画进行补充。

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