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Li's 核磁共振影像数据处理
文章平均质量分 62
有Li
麦田医学创始人;
影像组学世界创始人 http://radiomicsworld.com ;
b站up主 https://space.bilibili.com/542601735 ;
浙江大学博士后,中科院博士。
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Li‘s 核磁共振影像数据处理-30-高级医学影像配准软件ANTs安装
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站公众号“美好事物中转站”回复“ants”获取相关资料。ANTs安装ANTs这类科研软件一般按官方指导的方法安装即可。真正困扰大家是安装中遇到的“意外”。官方指导:https://github.com/ANTsX/ANTs/wiki/Compiling-ANTs-on-Linux-and-Mac.原创 2022-02-12 01:46:39 · 1737 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-29-part2-FSL安装-离线安装FSL
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站公众号“美好事物中转站”回复“fsl”获取相关资料。FSL离线安装方法下载FSL安装包,并复制到虚拟机Linux系统中。这里复制到了下载文件夹。在文件上点击鼠标反键,选择“提取到此处”进行文件解压缩。在(计算机)usr文件夹打开终端(在终端打开)。在终端输入sudo chmod -R 77.原创 2022-02-12 01:39:52 · 1855 阅读 · 1 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-29-part1-FSL安装-在线安装FSL
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站公众号“美好事物中转站”回复“fsl”获取相关资料。FSL在线安装方法注册和下载地址:https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads_registration注意要点击“FSL software license”后,拉倒最下面,点击“Agree”。填写基本信息.原创 2022-02-12 01:35:39 · 566 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-28-Windows虚拟机和Linux系统安装
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站公众号回复“itksnap”获取测试文件。Windows虚拟机和Linux系统安装软件和系统文件准备虚拟机软件:Oracle VM VirtualBox,https://www.virtualbox.org/,这里选择使用6.1.30版本。Oracle VM VirtualBox 的Guest.原创 2022-02-12 01:30:48 · 753 阅读 · 1 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-27-使用FSL进行基于白质骨架的弥散统计分析(Tract-Based Spatial Statistics,TBSS)分析流程
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站公众号回复“itksnap”获取测试文件。使用FSL进行基于白质骨架的弥散统计分析(Tract-Based Spatial Statistics,TBSS)分析流程FSL 官方地址:https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/TBSS/UserGuideTBS.原创 2022-02-12 01:22:16 · 5112 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-26-ITK-SNAP半自动勾画病灶
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站公众号回复“itksnap”获取测试文件。Itk-snap半自动勾画病灶测试用影像使用了itk-snap官方提供文件,公众号“美好事物中转站”回复“itknsap”可获取。载入影像。用鼠标将影像文件或文件夹拖入ITK-SNAP即可。这里举例使用的的“A Aorta w-c 1.5 B20f .原创 2021-12-29 16:19:22 · 1886 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-25|Li‘s 影像组学radiomics视频学习笔记(番外1)-PyRadiomics提取出的影像组学特征不完全符合IBSI?怎么办?
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站公众号回复“ISBI”获取ISBI手册。“For the most part, yes.”关于PyRadiomics提取出的影像组学特征是否符合Image biomarker standardisation initiative(IBSI),PyRadiomics官方已给出答案:https://p.原创 2021-11-21 19:28:14 · 2537 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-23-itk-snap调整影像方向功能介绍
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站配准前,如果参考影像和配准影像方向不一致,可能对配准结果有严重的影像,甚至无法正确配准。我们可以通过代码的方式进行调整,但代码进行调整的劣势是不能实时预览,每次都要生成影像后打开查看,因此我们可以使用itk-snap中调整影像方向功能,实现目的,并能够实时查看调整情况。功能路径在菜单栏“Tools”.原创 2021-11-19 13:18:26 · 1865 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-21|Li‘s 影像组学radiomics视频学习笔记-45-影像组学/医学影像处理中的binwidth是什么?怎么设置?
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站其中,Ng 就是非0的bins number。bins number = ?1、SquartRoot2、Sturges(斯特奇斯)3、Freedman-DiaconisFreedman-Diaconis方法偏向适用于长尾分布的数据,因为其对数据中的离群值不敏感。其中IQR为四分位.原创 2021-10-02 16:33:27 · 1533 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-22-FSL常用工具命令介绍 fslutils
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站今日代码查看影像基本信息fslinfo MNI152_T1_2mm_brain.nii.gz查看影像更加详细的信息fslhd MNI152_T1_2mm_brain.nii.gz选填参数 -x,以XML格式输出。“Don’t worry if you don’t know what ev.原创 2021-10-02 16:27:00 · 1353 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-20-FSL数学工具fslmaths
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站FSLeyes/FSLView交互式显示工具。FSLeyes界面fslmaths常用命令Usage: fslmaths [-dt ] <first_input> [operations and inputs] [-odt ]Datatype information:-dt .原创 2021-10-02 16:21:54 · 3032 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-19-FSL界面可视化操作介绍
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站FSL界面BET- Brain Extraction 大脑提取脑提取工具(BET)从整个头部的图像中删除非脑组织。如果有质量良好的T1和T2输入图像,它还可以估计颅骨内外表面和头皮外表面。大脑和非大脑组织分割,配准、分割等预处理步骤。图片引用自https://fsl.fmrib.ox.ac.原创 2021-10-02 16:16:21 · 1703 阅读 · 1 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-18-Mrtrix3- 5ttgen脑组织类型分割
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站5ttgen: five-tissue-type generationCortical grey matterSub-cortical grey matterWhite matterCSFPathological tissue今日代码5ttgen algorithm [ options .原创 2021-08-13 18:13:48 · 514 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-17-FSL-FAST 脑组织类型分割
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站FAST (FMRIB’s Automated Segmentation Tool) segments a 3D image of the brain into different tissue types (Grey Matter, White Matter, CSF, etc.), whilst .原创 2021-08-13 18:06:21 · 909 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-16-MRtrix3实现脑连接组connectome
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站今日代码tck2connectome [ options ] tracks_in nodes_in connectome_outExample:tck2connectome wmcsf_10Msift1Mtrack.tck ind_atlas_uint.mif result_connectome.原创 2021-08-13 17:58:33 · 699 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-15-MRIcroGL三维核磁共振影像重建
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站载入三维核磁共振影像后,从Display菜单选择Render,即为三维模式。再通过将不同的感兴趣区展现成不同的颜色,可以更好地进行展示。另外可通过View菜单下的Smooth选项,增加平滑度,提升视觉效果。...原创 2021-08-13 17:55:14 · 1008 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-14-3d slicer画病灶“三宗罪”|常见bug(错误)汇总
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站3D Slicer画病灶可能产生的问题1、可能并不保存完整矩阵,而仅保存roi部分2、保存的数值产生很小偏差3、层厚较小时自动调大(未亲自验证)...原创 2021-07-13 20:14:59 · 761 阅读 · 1 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-13-文件名批量汉字转拼音
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”公众号:美好事物中转站废话不多说,直接上代码。from xpinyin import Pinyinimport osbasePath = 'xxx'os.chdir(basePath)files = os.listdir(basePath)print(files)p = Pinyin()for file .原创 2021-07-13 20:12:07 · 145 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-番外篇-医学影像阅读/分析软件FSLeyes安装避坑
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”笔者在MacOS或Linux系统安装FSL系列软件时,多次遇到FSL附属的医学影像阅读软件FSLeyes无法正常工作的问题。查阅过大量然人头大的资料、帖子,尝试各种方法,比如修改OpenGL相关文件,下载独立的FSLeyes使用等均无效。最后一番摸索,通过在独立的虚拟环境中安装的方式解决了问题,且听我详细说明。1、下载并安.原创 2021-06-28 16:38:58 · 757 阅读 · 2 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-11-linux脚本批处理
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”linux脚本进行数据批处理今日代码#!/bin/bash此脚本由bash进行解释。bash是一种命令解释器。cd change directory的缩写,切换到某路径下。$变量名的起始echo输出字符串mkdirmake directory的缩写,创建目录。lslist files的缩写.原创 2021-06-28 15:10:13 · 172 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-12-ANTS医学影像配准
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”ANTS配准Advanced Normalization ToolsIf you want a decent, fast registration you might run something like this:antsRegistrationSyNQuick.sh -d 2 -f r16slice.nii.gz .原创 2021-06-28 15:03:10 · 728 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-10-通过mrtrix3进行概率纤维追踪
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”通过mrtrix3进行概率纤维追踪https://mrtrix.readthedocs.io/今日代码dwigradcheck input [ options ]功能:Check the orientation of the diffusion gradient tabledwigradcheck DTI.mif .原创 2021-06-24 01:37:43 · 653 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-9-3D Slicer实现纤维追踪(大脑纤维束成像)
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”3D Slicer实现纤维追踪(大脑纤维束成像)1、选择模块Tractography Seeding2、参数选择Parmeters Node(参数节点):Parameters(参数):选择现有设置或创建一个新的设置。Presets(预设):Slicer4 Interactive Seeding Defaults.原创 2021-06-24 01:34:38 · 885 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-8-纤维追踪成像理论
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735入群讨论请加v hochzeitstorte请注明“核磁共振学习”纤维追踪理论DTI成像优点:1、速度快2、可量化3、旋转不变:弥散张量三个本征值不随弥散方向和人的体位、方向变化4、可得到白质轨迹DTI缺陷:1、部分容积效应:一个体素内包含不同组织成分2、平均效应:一个体素内包含不止一个纤维体素路径3、高斯假设:DTI假设扩散过程在时间和空间上是高斯的,但实际上非高斯扩散.原创 2021-06-24 01:30:38 · 820 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-7-fsl线性配准实践
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735FSL线性配准FSL界面。选择FLIRT Linear registration。二级界面。Reference image 选择参考影像路径,即要配准到的空间的影像。Model/DOF(Input to ref) 选择自由度。Input Image 选择待配准影像路径。Output Image 填入输出文件路径和文件名。打开Advanced Options菜单,可进一步.原创 2021-05-18 00:53:27 · 545 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-6-fsl线性配准介绍
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735fsl线性配准介绍基本概念标准空间、结构空间、功能空间空间变换(SpatialTransformations)类比:在中国,你的名字是张三,大家给你起了个可爱的昵称叫“三狗子”。在美国,大家可能叫你“san”,或者你有一个英文名,叫“Nicholas Zhang”。自由度刚体变换(Rigid-Body Transformations)6个自由度。3转动,3平动。仿射变换(Aff.原创 2021-05-10 22:06:28 · 617 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-5-基于mrtrix3代码计算DTI的(FA、ADC等)
讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735今日代码tensor2metric [ options ] tensorGenerate maps of tensor-derived parameters.tensor: the input tensor image.可用options-adc image compute the mean apparent diffusion coefficient (ADC) of the .原创 2021-05-06 12:52:06 · 811 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-4-使用3D Slicer从DTI计算参数图(FA、ADC等)
从DTI计算参数图通过3D Slicer软件计算主要步骤导入DICOM影像3D Slicer似乎只能支持DICOM格式和NRRD格式的DTI处理,而无法支持NIFTI+磁场梯度信息文件的方式。(这里不确定,如有错误请指正。)模块选择:需要选择或设置的内容包括:选择DicomToNrrd,设置Output DWI Volume file,设置Input Dicom Data Directory。设置好后点击“Apply”。制作mask。实质就是去脑壳。模块选择:需要设置的内原创 2021-05-06 12:46:45 · 2694 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-3-DTI基础
DTI基础讲解视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735DTI的核心目的:获得水扩散的方向性信息。水扩散的不同情况Figure 1 From article: Moura LM, Luccas R, de Paiva JPQ, Amaro E Jr, Leemans A, Leite CDC, Otaduy MCG, Conforto AB. Diffusion Tensor Imaging Biomarkers to Predi原创 2021-04-22 15:14:13 · 429 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-1(下)-DWI基础
视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735DWI基础核心原理:水分子随机运动越多,DWI信号衰减越快。SD= exp(-b D)SD - 信号衰减,D – 扩散系数,b – 扩散梯度因子。DWI会采集两种b值下的影像,临床上大多时候都是b = 0和b = 1000。通过不同b值下的信号衰减,可以计算出表观扩散系数(Apparent Diffusion Coefficient,ADC)的值。ADC= [ln(S1/S2)] / .原创 2021-04-17 00:22:38 · 876 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-1(上)-个人简介和系列内容介绍
视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735缘起和简介自我介绍浙江大学 医学院 神经生物学 博士后中国科学院大学 微电子学与固体电子学 博士擅长进行以数据为驱动的医学研究。研究内容涉及人工智能在临床医学中的应用、脑卒中神经生物机制与预后、帕金森的影像学鉴别等。暂别影像组学,开启新篇章。辗转于化学、光电、物理、医学的历程,与未达成的北大梦。“曾在这高高低低 弯弯曲曲中跌倒才聚觉开开心心 简简单单已极好”《凭着爱》潘源良.原创 2021-04-17 00:16:15 · 428 阅读 · 0 评论 -
Li‘s 核磁共振影像数据处理-2-DWI实践:计算ADC (MD) map
操作视频内容请移步Bilibili:https://space.bilibili.com/542601735今日代码dicom到nifti格式转换(afni)dcm2niix_afni -o “dwi_nifti” -f %p -z y dwi_dicom-o 输出路径-f 输出文件名-z 输出影像文件是否压缩影像的volume分割(fsl)fslsplit [output_basename]文件名修改(Linux)mv 去脑壳(fsl)bet -f 强度 -m(生成m.原创 2021-04-17 00:31:38 · 1430 阅读 · 2 评论