mirna富集分析_circRNA芯片分析的一般流程

最新推荐文章于 2023-10-13 21:53:52 发布

weixin_39530960

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文章标签： mirna富集分析

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_39530960/article/details/112532314

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虽然我一直讲解的GEO数据挖掘，都是基于mRNA这样的表达芯片，但实际上 miRNA，lncRNA，甚至circRNA芯片也是大同小异的分析流程。

所以，如果你确实是第一次接触circRNA芯片数据，完全不用担心，你只需要把它看作是你不知道基因名字的mRNA芯片，最后得到的各种各样的分析结果，只不过是以circRNA的ID来表示而已。比如：

中南大学湘雅二医院陈林老师实验室通过Arraystar CircRNA芯片发现一种调控口腔鳞状细胞癌发生发展的circRNA分子—circRNA_100290。
就是分析OSCC及NCMT样本，分析circRNA表达谱，发现共有280个circRNA表达发生显著表达，其中139个circRNA上调，141个circRNA下调，从上调最显著的10个circRNA中选出circRNA_100290， q-PCR验证circRNA_100290确实在OSCC组织中表达显著上调。
曹雪涛院士课题组用Arraystar CircRNA芯片研究发现circMTO1可以作为microRNA的吸附海绵结合癌基因miR-9从而上调p21的表达从而抑制肝细胞癌（hepatocellular carcinoma， HCC）的生长
在7例肝癌组织和7例正常肝组织中circRNA的差异表达，筛选出肝细胞癌中20个差异显著的CircRNA做聚类分析（其中10个circRNA上调，10个circRNA下调），qPCR验证了这20个circRNA与芯片结果一致。

是不是很眼熟啦！不会害怕了吧！

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