mirna富集分析_GEO芯片数据下载，矩阵提取，差异基因分析，差异miRNA分析，miRNA靶基因预测，GO、KEGG功能，蛋白互作网络构建 - 生物信息学讨论版 -丁香园论坛...

一、芯片差异基因分析

1. 芯片数据收集

在 NCBI GEO数据库下载 。

2、做差异分析

使用limma R包计算正常组织和病组织的差异表达情况

3、绘制火山图

4、绘制热图

使用pheatmap R包对差异基因进行聚类分析

5、差异基因GO分析

使用DAVID对差异基因进行GO功能富集分析

6、KEGG通路富集分析

使用DAVID对差异基因进行KEGG功能富集分析

7、蛋白互作网络

使用 String在线工具对得到的差异表达基因进行蛋白质与蛋白质相互作用关系的构建

8、子网络

使用 cytoscape 软件的 MCODE[9]插件，获得网络的重要模块。