筛选数据库_如何通过TCGA数据库进行ceRNA分析并筛选关键lncRNA？

医药加生信答疑第四期：临床疾病关键非编码RNA分析及筛选(含ceRNA)

2019年度国家自然基金医学科学部共批资助10138项目，批助金额总计441310万元。其中面上项目数量占45%，金额占57%；青年科学基金项目数量占43%，金额占20%。初步统计，这些项目中大部分都与基因有直接或间接的关联。其中，与通路(pathway)关联的有1349项，金额4.89亿；与miRNA相关的有630项，金额2.3亿；与lncRNA相关的有395项，金额1.45亿；与circRNA相关的有230项，金额0.84亿。

 

我们可以发现，非编码RNA(miRNA，LncRNA，circRNA等)在这几年的国自然项目中，数量和金额不断加大。

如何查找筛选疾病的关键非编码RNA是项目申请时常见的问题。随着后基因组时代的来临，基于生信方法工具进行靶标预测是比较主流的思路。常见的生信思路有：

(1) 对于有样本组织的，可以获取高通量数据进行挖掘

转录组：RNA-seq，lncRNA-seq，circRNA-seq