TCGA数据库ceRNA网络构建（三）ceRNA网络构建

在前面得到差异lncRNA、差异mRNA和差异miRNA的结果，现在我们需要将建ceRNA，思路是：先通过mircode数据库找到差异的lncRNA的靶基因miRNA，并去除非差异的miRNA，然后利用上一步筛选出来的差异的miRNA，利用miRDB，miRTarBase，TargetScan数据库寻找相应的mRNA，去除非差异的mRNA，最后通过两两关系使用cytoscape构建网络
我一般会建两个文件，一个是前面得到的lncRNA-miRNA，miRNA-mRNA的关系文件，一个是label文件，文件中第一列为lncRNA、miRNA、mRNA,第二列是相应的类型，第三列是表达上调还是表达下调，具体的可以根据自己要求来做

ceRNA的构建最重要的就是关系的建立，这些需要依赖于数据库，或者说是依赖于大量的实验验证的结果。