sql的的over不能和group by一起使用吧_CellRouter的使用

在Windows RStudio中遇到安装CellRouter的问题,通过Linux环境解决。使用git clone和wget尝试下载,最终通过git clone成功。在安装依赖包时遇到困难,逐个手动安装并使用sudo R运行代码。在新版本教程指导下进行分析,创建工作目录并按需安装缺少的包,进行tSNE分析。虽然某些包安装失败,但部分结果已生成。
摘要由CSDN通过智能技术生成

c07d07e3a62112a48fe897febc7f4222.png

e69b8e1f2a29f55769889bf606838013.png

0276ee217e2da281937ce89b9ecf6a85.png

5aa502fef3b3edf83dc4bd4b66474ffd.png

两年了还是没有R包,所以就得在Linux操作啦,而这在Windows的RStudio操作是满屏的error呀!

21a1160b1472e3ee424df9c5a80e5977.png

先Git clone一下,总是下载不了:git clone https://github.com/edroaldo/cellrouter.git

da67bff8384ec960b21ef67a4697904e.png

看来只能弄一下wget直接下载压缩包了,多次尝试都失败,下载的文件不完整:wget https://github.com/edroaldo/cellrouter/archive/master.zip

16f1151eeebc6305a5ac23d7413f3e34.png

8fea42dba43e5b57d3147c27a9d82dfe.png

d1d92563a96cfc471b128a3d4be06708.png

最终还是git clone搞定,大小也匹配:

df2e586b92b8daf70565927b263dff79.png

https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41467-018-03214-y/MediaObjects/41467_2018_3214_MOESM14_ESM.txt

3965f4d2fec87c2466a0eebbc7607aee.png

先一步一步运行作者的tutorial:

edroaldo/cellrouter: Reconstruction of complex single-cell trajectories using CellRouter

https://github.com/edroaldo/cellrouter

list.of.packages 'reshape',new.packages list.of.packages[!(if(length(new.packages)) install.packages(new.packages, repos=c("http://cran.rstudio.com/", "https://bioconductor.org/biocLite.R"))install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")

f1b53ff38dc444b8426d1702400098f3.png

很多包安装失败:

81b1fec1986356bf6bbcd4f97f9df302.png

因此自己一个个安装:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))    install.packages("BiocManager")BiocManager::install("")

a2a218b42d59719cb8a9abd9c0ec9d0b.png

557d77f3d00b82a77e14c39fed539f62.png

愣是没搞定,因此sudo R之后继续运行代码:

ef629f02259bb099bc1f292b8c76e80c.png

f2fe0f8df36421d9785ae6cd10fe1234.png

f93006c37eaf012470ae895249dbca60.png

成功!我安装了三个小时呀!方法错误就是坑爹!

4057d3e94c68feec79869150de2d2164.png

87744cd8187e71c4e1b3aeb3bf23d238.png

然后继续:

a2f3143e46e009f16796a661d12c545b.png

遇到同样的问题,然后作者的意思是版本更新?

50d765f0ea263144f50f1391f3173555.png

  • 0
    点赞
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值