r语言进行go富集分析_使用clusterProfiler对非模式生物进行富集分析

欢迎关注微信公众号“生信小王子”！里面干货更多哦！

最近，小编有很多同学问我，非模式生物如何做富集分析？

小编本身是做小麦的，也属于非模式生物的范畴。以前的话，非模式生物要用blast2go跑电子注释，而blast2go又需要使用MySQL，没有root权限的话非常的麻烦。所以非模式生物如何做富集分析也困扰了小编很久，直到一天，小编发现了Y叔的神包“clusterProfiler ”！可以轻松做富集分析！

非模式生物的话，分为两种，一种是可以在AnnotationHub上在线抓取Org.Db的非模式生物，一种是在AnnotationHub上没有Org.Db的生物。

下面我们先来讲讲可以在AnnotationHub上抓取到Org.Db的非模式生物如何做富集分析：

# 载入包
library("AnnotationHub")
library("biomaRt")
library("clusterProfiler")
library("topGO")
library("Rgraphviz")
library("pathview")
# 导入文件
data <- read.table(file,header = F,sep&#