abb的knx的数据库下载方法_EggNOG功能注释数据库在线和本地使用

COG简介

COG(Clusters of Orthologous Groups of proteins，直系同源蛋白簇)构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白，因此是orthologs或者是paralogs。通过把所有完整基因组的编码蛋白一个一个的互相比较确定的。在考虑来自一个给定基因组的蛋白时，这种比较将给出每个其他基因组的一个最相似的蛋白(因此需要用完整的基因组来定义COG)，这些基因的每一个都轮番的被考虑。如果在这些蛋白(或子集)之间一个相互的最佳匹配关系被发现，那么那些相互的最佳匹配将形成一个COG。这样，一个COG中的成员将与这个COG中的其他成员比起被比较的基因组中的其他蛋白更相像。

主页：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/

COG单字母描述，详见 http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phunkee/html/old/COG_classes.html

COG one letter code descriptions

INFORMATION STORAGE AND PROCESSING

• [J] Translation, ribosomal structure and biogenesis

• [A] RNA processing and modification

• [K] Transcription

• [L] Replication, recombination and repair

• [B] Chromatin structure and dynamics

CELLULAR PROCESSES AND SIGNALING

• [D] Cell cycle control, cell division, chromosome partitioning

• [Y] Nuclear structure

• [V] Defense mechanisms

• [T] Signal transduction mechanisms

• [M] Cell wall/membrane/envelope biogenesis

• [N] Cell motility

• [Z] Cytoskeleton

• [W] Extracellular structures

• [U] Intracellular trafficking, secretion, and vesicular transport

• [O] Posttranslational modification, protein turnover, chaperones

METABOLISM

• [C] Energy production and conversion

• [G] Carbohydrate transport and metabolism

• [E] Amino acid transport and metabolism

• [F] Nucleotide transport and metabolism

• [H] Coenzyme transport and metabolism

• [I] Lipid transport and metabolism

• [P] Inorganic ion transport and metabolism

• [Q] Secondary metabolites biosynthesis, transport and catabolism

POORLY CHARACTERIZED

• [R] General function prediction only

• [S] Function unknown

eggNOG简介

eggNOG注释的原理和解读

通过已知蛋白对未知序列进行功能注释；

通过查看指定的eggNOG编号对应的protein数目，存在及缺失，从而能推导特定的代谢途径是否存在；

每个eggNOG编号是一类蛋白，将query序列和比对上的eggNOG编号的proteins进行多序列比对，能确定保守位点，分析其进化关系。

eggNOG mapper在线版

eggNOG-mapper就比对、注释eggNOG数据库的专用工具。

eggNOG-mapper在线分析，只需鼠标单击三步完成。

1.访问在线工具

http://eggnogdb.embl.de/#/app/emapper

2.参数设置

主要是选择蛋白序列文件，和设置邮箱。一般其它默认即可。

注意方法选择：diamond在序列少时相对较慢，但序列多时相对较快。HMMER方法对于亲源较远序列预测成功率更高，但数据量大时计算时间长，在线限制一次最多5000条序列。

3.提交任务

点击Run按扭即提交任务。会出现如下窗口。

eggNOG mapper本地版

更推荐conda安装，轻松稿定依赖关系和环境变量

conda install eggnog-mapper

手动软件下载和安装

cd ~/software
wget https://github.com/jhcepas/eggnog-mapper/archive/1.0.3.tar.gz
tar xvzf 1.0.3.tar.gz
cd eggnog-mapper-1.0.3

软件说明

less README.md

使用eggNOG数据库进行功能注释新基因