列注释_技术贴 | 宏基因组分箱 (Binning)第四课——COG EC RNA注释统计

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对Binning分析、R语言绘图感兴趣的朋友千万别错过。错过也没关系，每次课程不仅有回放，还有技术贴带您回顾课程内容。

图1

下面我们一起来回顾第四节课的主体内容吧。

 一、分析内容

COG，即Clusters of OrthologousGroups of proteins(同源蛋白簇)。COG是由NCBI创建并维护的蛋白数据库，根据细菌、藻类和真核生物完整基因组的编码蛋白系统进化关系分类构建而成。COG分为两类，一类是原核生物的(一般称COG)，另一类是真核生物(一般称KOG)。通过比对可以将某个蛋白序列注释到某一个COG中，每一簇COG由直系同源序列构成，从而可以推测该序列的功能。 ENZYME收录了7大类酶的四级分类信息。EC编号或EC号是酶学委员会(EnzymeCommission)为酶所制作的一套编号分类法，每一个酶的编号都以字母“EC”起头，接着以四个号码来表示，这些号码代表逐步更细致的为酶作出分类。 Ribosomal RNA genes (rRNA)、Transfer RNA genes (tRNA)、Non-coding RNA(ncRNA)分别使用RNAmmer、Aragorn、Infernal进行预测。

COG官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/

COG注释信息：

http://eggnogdb.embl.de/download/eggnog_4.5/data/NO