hisat2比对_RNA-seq分析之hisat2--建立index

一、RNA-seq为什么使用hisat2

hisat2使用bowtie2类似的算法，但是运行速度有很大提高；hisat2建立index支持基因组与转录同时建立index。

RNA-seq也推荐BWA、STAR进行比对，BWA支持拼接比对(spliced alignment)。

二、建立index

1.可直接下载hisat2官网index，有基因组，基因组+SNP，基因组+SNP+转录组三种类型index文件供下载。

2.自己建立index

#下载基因组文件
wget https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz

官网提示如果使用ss、exon或snp参数建立index需要高达200G内存，若只建立基因组index，仅需8G内存。所以加转录组的index最好直接下载。