hisat2比对_[转录组] HISAT2+Stringtie+DESeq2 = 转录本组装+差异分析

前两天提到了最近在尝试HISAT2+Stringtie+DESeq2 的组合，感觉还是蛮好用的，deseq2的功能颇多，hisat2+stringtie的处理速度又快，是我现在最喜欢用的RNA-seq处理流程。

hisat2 和 stringtie 都可以在anaconda上直接安装，deseq2可以使用新的Bioconductor的安装方式：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("DESeq2", version = "3.8")

预处理：

和其他数据处理一样，先把sra文件转为fastq，可以使用seqtk对fastq进行自动的trim，但还是要先用FASTQC先看一下质量，太差的数据最好还是不要用。

同时还需要注释文件和基因组文件，下载地址：

iGenomes

这回我粗暴一点，直接给代码：

hisat2：

hisat2 -t -x /ref/mm10