cufflinks--基因表达量的计算，差异表达基因的寻找

最新推荐文章于 2023-03-03 16:20:01 发布
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基因表达量的计算，差异表达基因的寻找

https://blog.csdn.net/hugolee123/article/details/44814469


不要随便把命令中的，改成空格，空格代表的是两个不同文件的传入

fengleqi
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RNAseq分析：Step6（计算表达丰度）
沉香best的博客
08-24 1671
RNA-seq技术是研究基因表达的常用方法之一，其表达丰度计算是RNA-seq数据分析的重要步骤之一。RNA-seq表达丰度计算的基本流程如下：序列比对：将测序数据比对到参考基因组，得到每个基因的计数。转录本重构：使用转录本拼接软件，如Cufflinks或StringTie，将比对后的 Bam/Sam 文件转换为每个转录本的表达值。这里的转录本可能是已知的基因、未知的基因或转录本。表达值的归一化：考虑样本间的技术差异和表达量大小的影响，对表达值进行归一化。
使用Tophat+cufflinks分析差异表达
weixin_30326741的博客
11-09 1736
使用Tophat+cufflinks分析差异表达 2017-06-15 19:09:43 522 0 0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析流程中核心的一步。序列的比对，或者说是字符串的比对本身就是计算机科学中的一个经典问题，在生物信...
cufflinks suit
chen_amiao的博客
03-20 556
包含的函数 各自的功能 目的 输入 输出 结果的解读 cuffcompare.tracking http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/cuffcompare/ 使用过程中出现的问题 cuffcompare output无 strand记录如何处理已实践过的功能 计算差异 得到新转录本定量 （后接rsem）
用Cufflinks计算差异表达
hs6605015的博客
02-28 2201
使用Cufflinks计算差异表达 Cufflinks包含了以下程序： Cufflinks 使用经过Tophat比对好的SAM格式来拼接转录组（每一个样本都进行拼接），如果有基因组注释文件的话，效果会更好。这个步骤的目的在前面已经讲过，包括后面的cuffmerge，即为了更精确地确定转录组的所有转录本以及其所有的剪接变体，从而更精确的进行定量分析。 如果已经有了参考基因组和基因组注释文件，这个步骤...
一文看懂基因表达分析流程！
aganlala的博客
03-25 1万+
基因表达分析 简介 基因表达分析是指直接或者间接测量样本内的全部或者部分基因的表达情况，一般是对转录产物mRNA进行测量。并且可以同时对不同基因和/或不同样本的RNA表达水平进行比较。这种分析可以帮助科学家识别造成表型差异的分子基础，并选择目标基因进行深入研究。基因表达的常用检测方法有：实时荧光定量PCR（qRT-PCR）、基因芯片（Microarray）、表达序列标签（Expressed Sequence Tag，EST）、基因表达系列分析（Serial Analysis of Gene Expressi
统计不同表达量区间的基因数量
ruby912的博客
06-03 1299
Perl脚本练习 要求 统计每个样本不同表达量区间的基因数量 数据 表达矩阵 思路 初始化一个哈希，用于计数 表达矩阵的一列为一个样本，对每列每个基因的表达量进行判断，并计数 代码 open(IN, "D:/exp.txt") || die "$!"; open(OUT, ">D:/out.txt") || die "$!"; my %stat =( "0.5-5"=>0, ...
基因表达量计算与差异表达分析常见问题
宁生信
06-10 4万+
问 1：在没有重复实验的情况下，用 RPKM 要怎么做检验呢？ 答：如果要用泊松分布做差异分析模型的话，必须要用 reads count 的。只有 RPKM值的话，可以用 RPKM 的公式反推 reads count 数，再做检验。 问 2：Deseq 是怎么控制 reads 多重比对的？ 答：Deseq 只是一个差异分析的软件，多重比对的分配是在 Deseq 之前的。 Deseq 是输入的
RNA-seq中的基因表达量计算和表达差异分析
热门推荐
宁生信
06-10 7万+
差异分析的步骤： 1）比对； 2） read count计算； 3） read count的归一化； 4）差异表达分析； 背景知识： 1）比对： 普通比对： BWA， SOAP 开大GAP比对： Tophat（ Bowtie2）； 2） Read count(多重比对的问题）： 丢弃 平均分配 利用Unique region估计并重新分配 表达量计算的本质
measuresmatter:关于 RNA-seq 数据量化和差异表达的论文
06-11
其次，差异表达分析是确定在不同条件下基因表达变化的关键步骤。通常，我们会使用统计方法来识别那些在两组样本之间显著改变表达的基因。DESeq2、edgeR 和 limma 是广泛使用的差异表达分析软件，它们基于负二项分布...
生物信息学工具箱的袖扣支持包：RNA-Seq 的转录组组装和差异表达分析。-matlab开发
05-29
此外，Cuffdiff 可以比较不同条件或时间点的转录组组装，揭示基因表达的差异。 4. **差异表达分析**：Cufflinks 最为人所知的功能之一是其差异表达分析能力。通过比较不同实验条件下的转录本丰度，Cuffdiff 可以...
R语言 | 计算基因表达量 TPM R脚本
weixin_42083461的博客
10-22 3332
因此，为了消除测序数据中的技术偏差，需要使用归一化，而不是直接使用Row reads count，例如RPKM(每千碱基每百万次映射的转录的读数)、FPKM(每百万个片段的每千基的转录的片段)和TPM(每百万条的转录)。FPKM与RPKM密切相关，但用片段(Pair reads) 取代了单端测序(这种命名的原因是历史的，因为最初的读取是单端的，但随着 pair-end 测序的出现，现在谈论片段更有意义，因此也就是FPKM).目前TPM的计算方式更加科学，被研究人员普遍认可。
Python数据分析中的实用技巧
qq_46094651的博客
03-03 62
本文列举了一些提升或加速日常数据分析工作的技巧，包括：\2. 使用 Cufflinks 和 Plotly 绘制 Pandas 数据\3. IPython 魔术命令\4. Jupyter 中的格式编排\5. Jupyter 快捷键\6. 在 Jupyter（或 IPython）中使一个单元同时有多个输出\7. 为 Jupyter Notebook 即时创建幻灯片该工具效果明显。
NBIS单细胞教程：差异基因（五）
songyi10的博客
11-30 6337
此文章是通过学习瑞典国家生物信息学基础设施(NBIS) 所开放的单细胞分析教程加上网上所查找的资料，自身的理解所形成的，可能会有不足之处。该部分是对不同集群之间的差异基因进行分析。参考来源：https://github.com/NBISweden/workshop-scRNAseq/blob/master/labs/seurat/seurat_05_dge.Rmd感兴趣的话可以阅读原文。
对FPKM/RPKM以及TPM的理解
sixu_9days的博客
07-03 2万+
虽然一直在接触FPKM/RPKM以及TPM，但是仅仅是知道它们是转录本定量的值，并未究其根本。最近看了几篇文献，对其深层次的含义有了进一步的理解，因而在这里记录下来。首先来看FPKM/RPKM的起源：  在RNA-Seq中，最简单的定量基因表达量（gene expression）的方法就是将RNA-Seq数据比对到相应的参考序列上时，会有比对到各个基因的read数量，称为raw read coun...
RNA seq 两种计算基因表达量方法
weixin_30872499的博客
08-20 1486
两种RNA seq的基因表达量计算方法： 1. RPKM：http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM：这个是TCGAdata中使用的。RSEM据说比RPKM更有优势。anyway，原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM，现在不需要了~：） 转载于:https://www.cnblogs.com/foreverycc/p/3269...
手把手教学差异表达基因分析
Neptuneyut的博客
09-19 4万+
文章目录引言安装并导入DESeq2包数据要求制作dds对象，进行差异分析筛选差异基因完整代码 引言 对于组学分析来说，常常会寻找组间的差异，例如差异基因（转录组）、差异菌（宏基因组）以及差异通路（宏基因组），而转录组分析上最为经典的DESeq2包对于以上分析也都适用 DESeq最早在2010年发表在Genome Biology上，2014年上更新版本DESeq2。DESeq2是基于负二项广义线性模型估算样本间基因差异表达概率，既适于有生物学重复的也适于没有生物学重复的样本，同时除了在转录组学，在宏基因组上使
【0基础】输入cq值即获得可截断的带显著区间的显著水平的表达量柱状图
sweet_yemen的博客
02-21 2080
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两列样本的差异基因筛选
zhu_si_tao的博客
05-02 1万+
两列样本数据的差异基因筛选方法： FoldChange法+FDR控制 其中，FDR值的计算方法如下： 1）对每个基因进行p-value的计算 假设观测到基因A对应的reads数为x，已知在一个大文库中，每个基因的表达量只占所有基因表达量的一小部分，在这种情况下，p(x)的分布服从泊松分布。已知样本一中唯一比对到基因组的总reads数为N1，样本二中唯一比对到基因组的总reads数为N2，样
geo数据库差异基因代码
最新发布
06-22
Geo数据库（Geographical Database）是一种用于存储和管理地理空间数据的数据库系统，它支持地理信息的查询、分析和可视化。在基因学领域，特别是差异基因分析（Differential Gene Expression Analysis），可能涉及到对基因表达数据（如转录组数据）在不同地理位置、环境条件或疾病状态下的比较。 "代码"部分通常指的是用编程语言编写的算法或工具，用于从地理数据库中获取相关地理位置的数据，并结合基因表达数据执行差异基因分析。这个过程可能包括以下几个步骤： 1. 数据获取：使用SQL查询或者其他地理信息系统（GIS）接口，从Geo数据库中提取与特定地点或区域相关的基因表达数据。 2. 数据整合：将地理信息与基因表达矩阵合并，形成一个可以进行统计分析的数据集。 3. 差异分析：应用统计方法（如t检验、ANOVA或RMA等）识别在不同地理条件下基因表达的显著变化。 4. 可视化展示：用Python的matplotlib、seaborn或R语言的ggplot2等工具，将结果以地图形式展示基因表达差异。 具体到代码，这可能涉及到诸如DESeq2（生物信息学中的R包）、edgeR、limma（R语言）、DESeq（R语言）、Cufflinks（基于转录本的分析）或者Python的pandas、scipy、statsmodels等库的使用。
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