hisat2 cifflinks

最新推荐文章于 2023-12-06 13:17:10 发布
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文章标签： linux
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hisat2 -p 8 --dta-cufflinks -x hisat2-data/script.sh-1/PH-1

-1 0h2-1_1.fq.gz

-2 0h2-1/0h2-1_2.fq.gz

-S 0h2-1.sam

weixin_43995047
关注
hisat2比对_[转录组] HISAT2+Stringtie+DESeq2 = 转录本组装+差异分析
weixin_39628160的博客
11-26 2031
前两天提到了最近在尝试HISAT2+Stringtie+DESeq2 的组合，感觉还是蛮好用的，deseq2的功能颇多，hisat2+stringtie的处理速度又快，是我现在最喜欢用的RNA-seq处理流程。hisat2 和 stringtie 都可以在anaconda上直接安装，deseq2可以使用新的Bioconductor的安装方式：if (!requireNamespace("BiocM...
RNA-seq——三、使用Hisat2进行序列比对
Dzfly
08-22 4095
Jimmy老师主要演示了四种比对工具，分别为hisat2、subjunc、bowtie2、bwa。除了subjunc能够直接生成bam文件外，这些软件的用法都很相似。需要根据自己的需求来选择对应的软件。这里以使用hisat2为例。
生信步骤|转录组mRNA数据的有参组装
学术程稻属
11-04 2859
转录组的组装能够提供丰富的组学信息，是生物信息学中重要的基础步骤。测序的下机数据经过过滤，比对，排序，组装，最终得到转录本的全部序列信息。下面我们以稻瘟菌测序数据SRR081556作为例子演示转录组组装的过程。
RNA-seq流程
beiaidewoniu的博客
04-14 296
简述 Tophat2-Cufflinks流程 Hisat2-Stringtie流程 条件 Tophat2-Cufflinks代码 #!/bin/bash function index(){ printf "[%s %s %s %s %s %s]::建立索引bowtie2-build\n" $(echo `date`) #单引号',和`是不同的。 start=$(date +%s.%N) mk...
RNA-seq数据分析(HISAT2+featureCounts+StringTie)
卫博
08-21 1万+
RNA-seq数据分析简介 简介 基因表达是功能基因组学研究的一个重要领域。基因表达与基因信息从基因组DNA模板到功能蛋白产物的流动有关(图1)。大规模并行RNA测序(RNA-seq)已成为一种标准的基因表达检测方法，尤其用于询问相对转录本丰度和多样性。一些研究已经证实，它的测量精度可以与其他成熟的方法如微阵列和定量聚合酶链反应(qPCR)相媲美[2-4]。它有蜜蜂 ...
HISAT2安装及使用
xxxxx
09-13 2万+
IntroductionWhat is HISAT2?HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation sequencing reads (whole-genome, transcriptome, and exome sequencing data) against the general h
HISAT2Aligner：用于docker化的Hisat 2 aligner模块的仓库
02-12
HISAT2Aligner HISAT2是一种快速灵敏的比对程序，可将下一代测序读数（DNA和RNA）映射到人类基因组（以及单个参考基因组）。 请参阅了解该算法的详细信息。
hisat2:基于图的对齐方式（分层图FM索引）
05-12
基于图的基因组比对和HISAT2和HISAT基因型的基因分型 接触 （ ）和 （ ） 抽象的 下一代测序技术的飞速发展极大地改变了我们进行基因组规模分析的能力。 用于大多数基因组分析的人类参考基因组仅代表少数个体，从而...
【数据比对hisat2和samtools】零基础看懂运行代码、报错Q&A—结尾有彩蛋
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weixin_56701701的博客
12-06 1375
p #多线程数 -x #参考基因组索引文件目录和前缀 -1 #双端测序中一端测序文件 -2 #同上 -S #输出的sam文件；1、进入minhe环境，cd命令进入 ~./miniconda3/pkgs(我的这个项目数据清洗所需软件的默认环境和安装位置，安装位置可以理解为软件的工作路径）所以mRNA反转的cDNA如果比对不到参考序列，会被分开，重新比对一次，判断中间是否有内含子。2、寻找新的可变剪切isoform，RNA的可变剪切，需要看外显子差异，用TopHat, HISAT2或STAR找剪切位点。
RNA-seq流程学习笔记（7）-使用Hisat2进行序列比对
热门推荐
垚垚爸的博客
06-02 4万+
参考文章： RNAseq(4)–Hisat2进行序列比对及Samtools格式转化 RNA-seq(5):序列比对：Hisat2 hisat2比对软件将reads比对到参考基因组 hisat2比对 1. 根据比对目的选择不同软件 RNA-Seq数据分析可以应用于不同目的的研究中，比如说找差异表达基因、或寻找新的可变剪切。如果找差异表达基因，只需要确定不同reads的数目，可以使用bowtie, bwa这类比对工具，或者是salmon这类align-free工具，并且后者的速度更快；如果需要找到新的isofo
基于RNA-seq的基因表达分析
xxxxx
09-23 1万+
我的青春     最近在做一些小麦基因的表达分析，想到使用RNA-seq的数据进行生物信息学分析，并且比我做实验用的组织还要多。     下载数据之后，首先要对数据进行低质量序列和载体序列等污染序列去除，我这里结合了两个软件AdapterRemoval和bbduk2, bbduk2是bbmap中的一个子程序。AdapterRemoval --file1 input1.fastq.gz --fil
cufflinks--基因表达量的计算，差异表达基因的寻找
fengleqi的博客
06-05 3257
基因表达量的计算，差异表达基因的寻找https://blog.csdn.net/hugolee123/article/details/44814469不要随便把命令中的，改成空格，空格代表的是两个不同文件的传入...
Cufflinks的使用
薛猫_柳叶刀
04-01 3万+
一. 简介 Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。 二. 安装 Cufflinks下载网页。 1. 为了安装Cufflinks，必须有Boost C++ libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。 $ tar jxvf bo
RNA-seq分析服务器安装生信工具过程
小静的博客
08-31 8298
RNA-seq分析常用生信工具安装过程，包括最新的samtools、HISAT2等工具的安装
HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件
hill_night的专栏
04-02 1万+
Bowtie 里的FM-index 简介 原文链接：http://m.blog.csdn.net/blog/stormlovetao/7048481 最近看新发表的几篇RNA-seq比对，组装的软件，发现HISAT里面也用到了FM-index这个算法，所以就找了一下，原博文链接如上所示，说的很是透彻 另外StringTie用到的算法叫做流神经网络，我发现在chinablog上也有一篇文章
RNA-Seq基因组比对工具HISAT2
悠悠的博客
09-29 1万+
RNA-Seq基因组比对工具HISAT2 转自：http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用，作者推荐TopHat2/Bowti2和HISAT的用户转换到HISAT2。 官网： https://ccb.jhu.edu/software/
[转载]转录组测序分析中cufflinks的使用及问题
SHMILYRINGPULL的专栏
11-01 1万+
在转录组高通量测序数据分析过程中，主要就是转录本的构建（拼接）及表达水平的衡量，其次还包括可变剪接之类的转录后修饰等研究分析。因此，做过RNA-seq转录组测序数据分析的童鞋们一定使用过或至少听说过Cufflinks这个软件。 Cufflinks是加利福尼亚大学伯克利分校数学和计算机生物实验室，由LiorPachter领导的StevenSalzberg’s团队，和马里兰大学生物信息和
Cufflinks --转录组组装有参考基因组
悠悠的博客
10-29 8424
一. 简介 Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。 二. 安装 Cufflinks下载网页。 1. 为了安装Cufflinks，必须有Boost C++ libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。 tar jxvf boost
39个转录组分析工具，120种组合评估
悟道西方
08-05 1万+
RNA-seq工具哪家强RNA-seq分析工具知多少RNA-seq是研究转录组应用最广泛，也最重要的技术之一。RNAseq其分析内容包括序列比对、转录本拼装、表达定量、差异分析、融合基因检测、可变剪接、RNA编辑和突变检测等，具体流程和常用工具如下图所示。通常的分析不一定需要走完全部流程，按需进行，某些步骤可以跳过、简化等。RNA-seq分析工具最优组合Nature Communication上一篇
umi-tools hisat2
09-08
umi-tools是一个用于处理和分析单细胞测序数据的工具集，而hisat2则是其中一个用于比对测序reads到参考基因组的工具。 umi-tools的主要功能是对单细胞测序数据中的UMI（Unique Molecular Identifier）进行处理和纠错。UMI是一种由随机核酸序列组成的标签，用于标识同一条RNA分子的不同拷贝。通过使用UMI，可以准确地区分RNA-seq数据中的PCR复制引入的误差，从而获得更精确的表达量估计。umi-tools提供了一系列命令，可以用于UMI的去重、纠错和统计。 hisat2是umi-tools中用于比对测序reads到参考基因组的工具之一。它采用索引和FM索引结构，能够高效地进行比对，尤其针对RNA-seq数据具有较高的精度和速度。通过hisat2，我们可以将单细胞测序数据中的reads与参考基因组进行比对，从而确定每个reads来自于哪个基因或基因外区域。 使用umi-tools hisat2可以实现以下功能：首先，umi-tools可以对单细胞测序数据中的UMI进行去重和纠错，得到准确的UMI计数。然后，使用hisat2将去重和纠错后的reads比对到参考基因组，确定每个reads的来源。这样，我们可以根据比对结果进行单细胞基因表达分析，包括确定差异表达基因、细胞亚群鉴定等。同时，利用umi-tools中的其他功能，还可以进行UMI分析和细胞去耦分析，更好地挖掘单细胞测序数据中的信息。 总之，umi-tools hisat2提供了一个全面而灵活的工具集，可以帮助我们处理和分析单细胞测序数据，从而更好地理解细胞的分子特征和功能。
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