计算化学---MS学习笔记（建模）(总结自B站up主月只蓝MS系列教学视频)

 1、MS中常见模型及其构建思路（第一讲）

MS中建模的基本原则

代表性——抓住研究对象得关键特点，简化而不失真

可用性——尺寸适中、计算量可接受，算得动

 2、分子模型绘制方法（第二讲）

 有机物1 链状结构

有机物2 含环结构

 苯环Kekule式与共振式互相转换：Build->Bonds-> 

  3、晶体模型的构建（第三讲）

3.1 构建晶体必需信息

1 对称信息：即空间群; 一共有230个空间群；

2 晶格常数：3个晶格长度参数+3个晶格角度参数，共6个；

3 晶胞中原子的种类及其三维坐标

3.2 如何获得这些必须的信息（常用数据库 网站 软件）

 

 3.3 晶体建模（晶体晶胞）

 1 手动建模

查询相关信息（Findit）： 

建立晶胞： Build->Crystals->Build crystal... 

 加入原子：Build->Add atoms

2 导入cif格式文件（路径不可含有中文字符）有些cif格式导入的模型有误，需要仔细核查。（空间群及晶格常数等信息）

4、 溶液模型的构建（第四讲）

 4.1 晶胞模型的分类

4.2 构建溶液模型的基本步骤

1 画出溶液中各组分的分子、离子模型，并设置号力场和电荷

2 获取溶液的密度、浓度信息，计算出溶液中各组分的摩尔比

3 使用AC模块建模

 4.3 实例演示

1、注意：构建盒子的大小应要大于25A！！！（盒子大小应大于后续计算时，范德华力的截断半径的两倍，常用的截断半径为12.5A）

2、把力场设置为COMPASSII

3、在“More”里，把两个勾选去掉（和离子及分子建模时操作一致）

4、改“charges”为"use current"

5、可以修改Job description.

最终建立的模型具有“晶格线”，其具有一定的周期性。

注：AC模块建模后形成的.xtd文件时轨迹文件，不能在直接使用改模型进行几何优化、退火、动力学计算等操作，需要把其中的某一帧复制到新的.xsd模型中，才能进行后续的操作。

5、 聚合物分子链的构建（第五讲）

例一：均聚物

画出重复单元结构，并选中与C相连的一个H原子。

“Build”->"repeat unit”

选中“Head Atom”

选中“Tail atom”

“Build”->"Homopolymer”

修改“Library”、“repeat unit”等选项

例二：无规共聚物

1、先构建两种重复单元

2、将两种重复单元进行连接

分别导入两种重复单元：

修改相关选项：

reactivity和Force concentration(严格按照聚合度比例进行建模)

Chain length：两种重复单元的聚合度总和。

在“Reactivity Ratios”中修改两种重复单元的比例->最后点击Build。

在Display style 里面把聚合骨架的颜色（粉色）修改为正常的元素颜色。

6、晶面模型的构建（之后学习了再总结）

7、纳米材料模型的构建（之后学习了再总结）

8、聚合物无定形晶胞

8.1 构建聚合物无定型晶胞的基本步骤

2、实例演示（普通AC建模/Confined Layer）

1、建模并设置力场（可以在AC模块里的More选项卡中设置，也可以在forsite里设置，同离子建模步骤）

2、AC建模

修改CHarges:Use current

在“setup”模块中修改密度（常用密度）、构型个数（自定义）、及模型中包含的有机物链数（自定义）。

构建“Confined layer”直接在“Task”处修改即可。

在AC建模完成后，可以在“energy”文件中查看能量最低的构型在第几帧！！！

第七帧的能量最低。

在"currentFrame"中将1改为7。

新建.xsd文件，将能量最低的轨迹文件第七帧复制进去，成为最终选择的模型。

两种建模的区别：普通AC建模和Confined layer建模

左：普通AC建模，在各个方向上均有原子在晶格外面。 右：confined layer建模在Z轴方向上与原子在晶格内。

左：用confined layer模型建模。右：用普通AC模块建模

总结：跟界面相关的模拟，最好用“confined layer”进行建模！！！

9、接枝、雕刻、填充、异质结、两相界面（主要学习两相界面，其余部分之后需要用再学习总结）

金属-液体模型：

1、构建两个层状模型。

2、进行拼接

Build->Build layers

设定选定layer1和layer2的模型文件

可以再溶液盒子上加真空层，以A为单位，在这里加了20A的真空层。

选定模型的大小基准