edger多组差异性分析_用R实现批量差异分析(t检验和方差分析),自己算P值

对于二代数据的表达差异分析，理论上应该用reads counts进行计算。这个在我们论坛的专题帖已经有解释：

第14期“基因表达量计算和差异表达分析(下)”【视频】

www.omicshare.com/forum/thread-236-1-12.html

同时，在我们OS-tools已经有基于edgeR软件的差异分析工具。但依然有网友问，如果手头没有reads count数据，而只有RPKM/FPKM值该怎么办？

这个时候，就只能退而求其次，使用t检验或者方差分析。但注意，这两种检验是基于正态分布的检验方法，是不适用于二代数据的，对低丰度基因的检验会产生大量假阳性。不到万不得已不要使用这类方法。

如果非使用不可，可以：

使用以下的R脚本进行批量差异检验(t检验或方差分析)；

请将在两组样本中表达量RPKM值均低于1的基因过滤掉(t检验和方差分析在低丰度基因中，假阳性过高，P value不可靠)。

请确定你认真看了上面两点使用建议，再开始看代码。

# t检验的代码如下：

a=read.table(“all_fpkm.txt”,header=T,sep=”\t”)

#预生成2个长度与输入文件行数相同的全为0的向量，将用于存储p value和差异倍数(log2FC)

Pvalue

log2_FC

# 2~4列是处理组1,5~7列是处理组2；

#将使用循环对每一行进行t检验

#如果某一行两组的标准差都等于0，将无法进行t