一个代码搞定显著差异柱状图和箱线图 | R语言绘图

已于 2024-04-30 16:05:34 修改
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分类专栏： R语言精美图形绘制教程 文章标签： 柱状图 显著差异柱状图 差异柱状图 R语言绘图 箱线图 显著差箱线图 生物信息学
于 2024-04-30 16:01:13 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/kanghua_du/article/details/138348688
版权
本文介绍了如何使用R语言中的ggplot2、ggsignif等包绘制具有显著性差异的柱状图和箱线图，包括数据导入、统计分析和图形展示，适用于生信分析中的数据可视化。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

本教程原文链接：一个代码搞定显著差异柱状图和箱线图 | R语言绘图

本期教程

小杜的生信笔记，自2021年11月开始做的知识分享，主要内容是R语言绘图教程、转录组上游分析、转录组下游分析等内容。凡事在社群同学，可免费获得自2021年11月份至今全部教程，教程配备事例数据和相关代码，我们会持续更新中。
​

往期教程部分内容












本教程原文链接：一个代码搞定显著差异柱状图和箱线图 | R语言绘图

绘制显著差异柱状图

  1. 导入相关的R包
library(ggplot2)
library(ggsignif)
library(ggpubr)
library(ggbreak)
  1. 导入数据
setwd("D:\\BioinfoFile\\小杜的生信笔记\\2024\\20240430_差异箱线图绘制")
#data <- read.csv("**.csv",header = T, row.names = 1)
##
#data <- read.table("**.txt",header = T, row.names = 1, sep = "\t")
  1. 模拟数据
    在这里我们模拟所需数据，不具有任何意义。
data <- data <- read.table(text = "
group	sample	value
lncRNA-1	CK	4
lncRNA-1	CK	4
lncRNA-1	CK	5
lncRNA-1	CK	6
lncRNA-1	CK	5
lncRNA-1	CK	5
lncRNA-1	CK	1
lncRNA-1	CK	3
lncRNA-1	CK	5
lncRNA-1	CK	5
lncRNA-1	Treat	5
lncRNA-1	Treat	4
lncRNA-1	Treat	2
lncRNA-1	Treat	1
lncRNA-1	Treat	2
lncRNA-1	Treat	3
lncRNA-1	Treat	3
lncRNA-1	Treat	3
lncRNA-1	Treat	1
lncRNA-1	Treat	5
mRNA	CK	6
mRNA	CK	7
mRNA	CK	4
mRNA	CK	8
mRNA	CK	6
mRNA	CK	4
mRNA	CK	5
mRNA	CK	2
mRNA	CK	7
mRNA	CK	4
mRNA	Treat	2
mRNA	Treat	3
mRNA	Treat	4
mRNA	Treat	5
mRNA	Treat	2
mRNA	Treat	4
mRNA	Treat	5
mRNA	Treat	6
mRNA	Treat	7
mRNA	Treat	4
", header = TRUE, row.names = NULL)

## 
data[1:5,1:3]

  1. 绘制差异显著柱状图
ggplot(data, aes(x = sample, y = value))+
  ##'@绘制柱状图
  geom_bar(aes(fill = group), stat = "summary", position = position_dodge(1),
           color = "black",
           fun = mean, size = 0.5)+
  ##'@添加误差线
  stat_summary(fun.data = "mean_sd", geom = "errorbar",
               width = 0.2, size = 1)+
  ##'@添加显著性
  geom_signif(comparisons = list(c("CK","Treat")),
              map_signif_level= F,  ##'@T:显示*号，F显示数字
              tip_length=0, 
              size=1, 
              test = "t.test")+  ##'@t.test, wilcox.test 
    facet_wrap(~group)+
  ##'@X轴和Y轴坐标
  labs(x = "", y = "Expression levels",title = NULL)+
  ##'@设置颜色
  scale_fill_manual(values = c("#386cb0","#1b9e77", "#fdc086","#a6cee3","#bebada","#e5c494"))+
  theme_classic()+
  theme(axis.line = element_line(size = 1),  ## 粗细
        text=element_text(family = "sans",colour ="black",size = 12),
        axis.text.x = element_text(color = "black", size = 12),
        axis.text.y = element_text(color = "black",size = 12),
        axis.ticks = element_line(size = 1,colour = "black"),
        strip.text = element_text(color = "black",size = 16),
        axis.title = element_text(color = "black",size = 18),
        legend.position = "none",
        strip.background = element_blank()
       )

#ggsave("显著差异柱状图.pdf",width = 6, height = 4)

绘制差异显著箱线图

ggplot(data, aes(x = sample, y = value))+
  ##'@绘制
  geom_boxplot(aes(fill = group), position = position_dodge(1),
           color = "black",
           fun = mean, size = 0.5)+
  ##'@添加散点图
  geom_jitter(color = "#a6cee3",szie = 2.5, alpha = 0.8)+
  ##'@添加显著性
  geom_signif(comparisons = list(c("CK","Treat")),
              map_signif_level= T,  ##'@T:显示*号，F显示数字
              tip_length=0, 
              size=1, 
              test = "t.test")+  ##'@t.test, wilcox.test 
    facet_wrap(~group)+
  ##'@X轴和Y轴坐标
  labs(x = "", y = "Expression levels",title = NULL)+
  ##'@设置颜色
  scale_fill_manual(values = c("#a6cee3","#bebada","#e5c494","#386cb0","#1b9e77", "#fdc086"))+
  theme_classic()+
  theme(axis.line = element_line(size = 1),  ## 粗细
        text=element_text(family = "sans",colour ="black",size = 12),
        axis.text.x = element_text(color = "black", size = 12),
        axis.text.y = element_text(color = "black",size = 12),
        axis.ticks = element_line(size = 1,colour = "black"),
        strip.text = element_text(color = "black",size = 16),
        axis.title = element_text(color = "black",size = 18),
        legend.position = "none",
        strip.background = element_blank()
       )

#ggsave("显著差异箱线图.pdf",width = 6, height = 4)

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往期部分文章

1. 复现SCI文章系列专栏

2. 《生信知识库订阅须知》,同步更新，易于搜索与管理。

3. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）

4. 精美图形绘制教程

5. 转录组分析教程

6. 转录组下游分析

小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学教程，以及基于R分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!

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完成设置后回到主页面，可以看到顶部的4个页面。“探索”页面提供了模板应用程序，用户可参考模板定制自己的应用程序。“工作室”页面用户可创建自己的应用，包括聊天助手、智能体、工作流。“知识库”页面用户可以通过上传自己的文本数据创建知识库增强 LLM 的上下文。“工具”页面是Dify本身集成第三方工具，用户也可自定义工具。
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昨天看到一个网友说"不会使用DeepSeek，那么这东西到普通人手里，就是百度Plus版"，这么说也不无道理。为什么DeepSeek会掀起这么大的浪潮，是因为过去我们想实现的很多事情都要基于机器对自然语言的理解，比如机器人发展了很久，现在有了机器狗、人形机器人，但还是需要遥控去控制，而不具备自主思维。再比如刚出来的Gpt、文心一言，更像是拼凑起来的文字，具有浓重的程序化风格。
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基于Dify的工作流全流程测试
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经过不断的发展和实践，我们的大模型应用平台从最初整合多个大模型 API 接口，提供简单的问答功能，并通过 dify 项目提供复杂工作流的流程编排能力，到后来将工作流引擎的执行切换到 rill-flow 项目，在保证前端操作体验不变的同时优化了工作流的性能表现和稳定性。
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入门Dify平台：工作流节点分析
fenfenfen520a的博客
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要让智能体在实际应用中表现出色，掌握工作流的使用至关重要。今天，我们将深入探讨Dify平台中的各个节点的功能，了解它们的使用方法以及常见的应用场景。通过对这些节点的全面了解，将能够高效地设计和优化智能体的工作流流程。好了，言简意赅，直接进入正题。 节点概览 首先，我们创建一个工作流或者是chatfl
dify 循环
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<think>好的，我现在需要帮助用户解决关于Dify循环实现的问题。首先，我需要明确用户的具体需求。他们提到“dify 循环实现”或“dify 如何处理循环”，但Dify本身可能没有直接称为“循环”的功能，所以需要结合现有文档中的信息来推断可能的解决方案。 根据用户提供的引用内容，Dify工作流中有迭代节点[^1]。这可能类似于编程中的循环结构，用于重复执行某个任务。例如，在处理列表数据或需要多次执行同一操作时，迭代节点可以派上用场。我需要详细解释迭代节点的配置和使用步骤，确保用户能够理解如何设置循环次数或遍历数据集。 另外，用户可能对如何处理循环中的错误或性能问题感兴趣。引用[2]提到在Dify中处理PEM文件的问题，这可能涉及在循环中正确处理数据格式，避免错误积累。需要提醒用户在循环中注意错误处理和资源管理，确保每次迭代的稳定性。 引用[3]中的例子展示了如何结合FastAPI和Selenium进行实时监控并生成GIF，这可能涉及循环截取浏览器内容。虽然Dify本身可能不直接控制这类循环，但可以通过外部脚本或定时任务触发工作流，模拟循环执行。这部分需要说明如何将外部循环机制与Dify结合使用。 接下来，我需要组织回答结构。首先介绍迭代节点的基本概念和配置步骤，然后讨论循环中的数据处理和错误处理，最后补充外部触发循环的方法。同时，生成相关问题以帮助用户进一步探索，比如优化循环性能或处理复杂数据结构。 需要确保回答符合格式要求，使用正确的中文表达，行内公式用$...$，独立公式用$$...$$，但当前问题不涉及数学公式，所以可能不需要使用。同时，引用标识要自然地添加到相关段落末尾，如、[^2]、[^3]。 最后，检查是否有遗漏点，比如Dify的其他循环相关功能或用户可能遇到的常见问题，确保回答全面且易于理解。</think>在Dify中处理循环逻辑主要通过**迭代节点**实现，以下是具体实现方式和应用场景的解析： ### 一、Dify的循环实现机制 Dify通过**工作流设计器**中的迭代节点处理循环需求，其核心原理类似编程中的`for循环`。迭代节点可遍历以下数据类型： - 数组列表：`["A","B","C"]` - 字典集合：`{"key1":"value1", "key2":"value2"}` - 数值范围：通过`range()`函数生成序列 配置示例： ```python # 模拟迭代节点的数据输入 input_data = { "dataset": [1,2,3,4,5], "process_logic": "item * 2" # 对每个元素执行乘以2的操作 } ``` ### 二、迭代节点的关键配置步骤 1. **数据源绑定**：将数组/字典类型变量连接到迭代节点的输入端口 2. **循环变量命名**：设定当前元素的变量名（默认为`item`） 3. **子流程设计**：在迭代节点内部构建需要重复执行的逻辑模块 4. **结果聚合**：通过`outputs`收集所有迭代结果，支持数组或对象格式 $$ \text{总耗时} = \sum_{i=1}^{n}(单次迭代时间_i) + 系统开销 $$ ### 三、循环中的特殊处理 1. **错误中断控制**： - 启用`continueOnError`参数可跳过失败迭代 - 通过`try-catch`模块包裹敏感操作 2. **并行优化**： ```python # 伪代码示例 Parallel.forEach(dataset, lambda item: process(item)) ``` 3. **结果过滤**： ```python filtered = filter(lambda x: x%2==0, processed_results) ``` ### 四、应用场景案例 1. **批量文件处理**：遍历存储桶中的文件列表进行格式转换 2. **数据清洗**：对数据库查询结果集进行逐条校验 3. **API轮询**：定时循环调用第三方接口直到满足特定条件
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