无需写代码的高颜值富集分析神器
富集分析是了解一个基因集功能倾向性的一个方式,在组学研究领域应用广泛。常见的有基于差异基因的Over-representation
分析,也就是常说的GO、KEGG富集分析和Functional class scoring
分析,如GSEA。这两种富集分析算法不同,但可以都支持同样的注释集,如GO、KEGG或其他类型的注释。基本原则只有一个:基因集的基因名字与注释集的基因名字能匹配。剩下的就是了解下原理去操作了。
下面三篇文章建议仔细多读几遍,尤其是原理解释部分。对以后的分析事半功倍。做了一年的培训的体验是:学不会是因为没时间。时间用到了,自然就会了,培训现场的进度就是最好的支持证据。我们的培训希望在3天时间告诉大家需要3个月到半年可以掌握的知识,多读几遍也就都会了 (跑题了)。
- GO、GSEA富集分析一网打进
- GSEA富集分析 - 界面操作
- 去东方,最好用的在线GO富集分析工具
今天给大家介绍的是Cytoscape的插件??ClueGO。ClueGO能以网络图的形式来展示GO富集结果。
除了在线工具和R代码,今天带来的是网络绘制工具Cytoscape的一个插件ClueGO
,支持200多个物种,支持数据库实时更新,支持多个注释数据集,支持多集合富集结果比较和网络图展示。配合Cytoscape的网络操作,可以做更多探索。下面看看怎么安装和使用吧。
ClueGO安装
官网下载
(http://apps.cytoscape.org/apps/cluego)
![ce365ccf198ae353a6bef9aa904e3a00.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/ce365ccf198ae353a6bef9aa904e3a00.png)
2.Cytoscape的APP Manager中下载
![3f16675d8ac9daf8b87825360dece7c3.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/3f16675d8ac9daf8b87825360dece7c3.png)
![1713824662d4e5e6a397a2e08af6a1f4.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/1713824662d4e5e6a397a2e08af6a1f4.png)
ClueGO激活
ClueGO第一次使用需要按照提示申请license
,申请网址为:http://www.ici.upmc.fr/cluego/cluegoLicense.shtml。 点击Request a license key
,填写基本信息之后提交审核,审核时间可能需要几天。拿到license之后点击App-ClueGO
,在弹出的提示框中输入license
即可激活ClueGO。
简单使用ClueGO
1. 上传数据
可以粘贴基因的id
、symbol
等或从本地上传文件 (富集分析的基因集只需要基因名字),我们以ClueGO的示例文件“CluePediaExampleFile_Th1RelatedGenes.txt”为例,并选择其对应物种和自动识别Gene id
类型选项。
![619fef45cc0311a99a31b606a235f93a.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/619fef45cc0311a99a31b606a235f93a.png)
2. 选择富集数据集和富集标准
默认是BP,我们增加选择了CC和MF。同时可以在右侧选择不同支持度的注释,实验支持的、人工校对的还是计算预测的等。GO中的IEA
数据为电子注释结果。如果物种注释的好,如模式生物,可以比较下有无IEA
对富集结果的影响。
![370b914f004fa00299e99e92a899ba1b.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/370b914f004fa00299e99e92a899ba1b.png)
然后勾选以下选项,目的是只显示p值<=0.05的富集结果。具体选择的富集显著性Pvalue
,可自行调整。
![9f6cef4019b95424760c1e46021b04b7.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/9f6cef4019b95424760c1e46021b04b7.png)
3. 富集分析和结果展示
点击start
开始进行富集分析
![e7c35f4cf610c8a97fa4bf0e31042c33.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/e7c35f4cf610c8a97fa4bf0e31042c33.png)
运行结束后,会跳出一个简述富集结果信息的提示框,包括物种
, 基因名字
,匹配的注释信息
,重叠度
和冗余度
等信息。
![792aa630608038634d3149dc8039e08d.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/792aa630608038634d3149dc8039e08d.png)
Cytoscape的网络视图中展示的是富集结果的网络图。每个节点为代表性富集通路,节点的连线代表通路之间的共有的基因数,颜色代表该节点的富集情况分类(隶属于哪个功能组,颜色和表格形式的的ClueGO结果对应)。
![63d7ab5a37cf70ad92f81c9984060c18.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/63d7ab5a37cf70ad92f81c9984060c18.png)
4. 结果导出矢量图和表格
结果导出为矢量图
![7f8abad6ff86e68a1aa0d9be272bb659.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/7f8abad6ff86e68a1aa0d9be272bb659.png)
结果保存为表格或Excel格式
![482382cae39baf85641fcb965c34e48b.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/482382cae39baf85641fcb965c34e48b.png)
ClueGO优势
1. 物种丰富,并支持手动下载
本地有人类和小鼠可选,也可根据需要下载,支持近200个物种。
![6c496d0edbb3fcc279fbe241885c5f27.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/6c496d0edbb3fcc279fbe241885c5f27.png)
2. 物种注释手动更新
![83f67cd888c8fa812c0c7e91dcb752c2.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/83f67cd888c8fa812c0c7e91dcb752c2.png)
(前面推荐的GOEAST是每周更新,这个可以认为是实时更新。R中的注释包相比来说更新的慢了些,需要社区发布新版本或自己整理。)
3. 多种网络布局和自由网络设计
网络布局类型选择
![21e94720486836db8d2a93834f866515.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/21e94720486836db8d2a93834f866515.png)
style
选项可对网络的颜色,节点,网络等进行修改。还可以映射其它如表达量信息等。
![6bdf6061612f71f14b2790f50f2f677c.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/6bdf6061612f71f14b2790f50f2f677c.png)
4. 多个数据集比较
同时导入2组或多组基因列表,可以进行比较分析。
![22bb9c72e601205558c739a322a8cedf.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/22bb9c72e601205558c739a322a8cedf.png)
富集结果
信息概括
![1877b2d07003092518e05c060474d77b.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/1877b2d07003092518e05c060474d77b.png)
网络图和详细信息
![13ce50010ebfb0ee4740d219cf0bb9d8.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/13ce50010ebfb0ee4740d219cf0bb9d8.png)
![006f18f9666adf23ebbd732ff988bad8.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/006f18f9666adf23ebbd732ff988bad8.png)
5. 链接外源数据库
看到感兴趣的基因、通路,可以直接选择需要的外源数据库查询获得更多信息。
![cfe483c27932937428a3bf41b0dc59f2.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/cfe483c27932937428a3bf41b0dc59f2.png)
更多Cytoscape的使用
- Cytoscape教程1
- Cytoscape之操作界面介绍
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- 生信宝典之傻瓜式 (五) 文献挖掘查找指定基因调控网络
![c05cc535bfaeab5d755a38ae2d04f7b2.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/c05cc535bfaeab5d755a38ae2d04f7b2.png)