批量GSEA分析：给定基因做GSEA分析并批量出图

引言

老板对某些基因感兴趣，但是针对这批基因的后续研究不知道从哪个方向入手，组会上就会让你做个gesa。

要求是：根据某个基因的表达量高低分组，在两个组件有哪些通路有差异？

这时候一个两个基因尚可以方便地使用web工具java工具进行。但是这样做缺点很大，比如java软件做gsea：缺点有：

第一、工作量大。

第二、设置表单很容易出错。

第三、速度也不快。

使用R语言自己变成作分析优势有：

1、无论来多少基因都可以一起做分析

2、批量出图方便快捷

3、鼠标不用点点点，还设置错。

R语言实现

加载包

BiocManager::install("ReactomePA")
library(ReactomePA)
library(clusterProfiler)
library(GSEABase)
library(enrichplot)
library(statmod)
library(limma)
library(edgeR)
library(tidyverse)
library(data.table)
library(org.Hs.eg.db)
library(biomaRt)

载入数据

expr <- read_csv("~/Rcode/gsea/TCGA-KIRC.csv") #用tcga的透明细胞癌数据集做demo

数据预览：