箱线图多个y含组怎么画_跟着Nature Communications学画图~Figure1~ggplot2箱线图

今天继续 跟着Nature Communications学画图系列第三篇。学习R语言ggplot2包画箱线图。

对应的 Nature Communications 的论文是 Fecal pollution can explain antibiotic resistance gene abundances in anthropogenically impacted environments

这篇论文数据分析和可视化的部分用到的数据和代码全部放到了github上 https://github.com/karkman/crassphage_project

非常好的R语言学习素材。

论文中的figure1是使用基础绘图函数画的，我感觉如果使用ggplot2实现起来可能会更容易。今天就先用ggplot2试着画一下箱线图。

首先是读入数据

HMP<-read.table("data/HMP.txt")
dim(HMP)
head(HMP)

数据中有缺失值，将缺失值去掉

HMP<-na.omit(HMP)

最基本的箱线图

library(ggplot2)
ggplot(HMP,aes(x=country,y=log10(rel_crAss)))+
  geom_boxplot()