评委打分表模板_利用 modeller进行 融合蛋白多模板建模（二）

在前一节（利用 modeller进行 融合蛋白多模板建模（一） - 大家都叫我杨哥的文章 - 知乎 https://zhuanlan.zhihu.com/p/126689898）中讲述了使用modeller的基本套路，虽然是个开胃菜，但没掌握的话则后面的工作就很难顺利的进行下去。

多模板建模过程

1 照例，先准备目标序列对齐文件 seq_in.ali

2 运行salign .py 从多个同源模板PDB提取氨基酸序列，生成临时对齐序列tmp.ali（模板之间的对齐）（这一步很厉害，手动是做不到的）

3 运行align2dmultiple .py ，将上一步tmp.ali 和 seq_in.ali作为输入，输出模板-目标序列对齐文件out_multi.ali 。

4 modelmutli.py ，将out_multi.ali作为为输入，输出5个模板。注意在脚本中是否启用打分函数。写个示例照抄吧，

#script name: model_multi.py
from modeller import *
from modeller.automodel import *

env = environ()
a = automodel(env, alnfile='RAs.ali',
              knowns=('3jvfC','5nanB','raA','fcA'), sequence='v301',
              assess_methods=(assess.DOPE, assess.GA341)) #打分函数DOPE GA341
a.s