本文档介绍了如何使用maker软件来注释一个在maizegdb上未找到的玉米基因组，强调了利用RNA-seq数据提高预测可靠性，以及自定义RepeatMasker数据库的重要性。由于EVM流程复杂，建议根据研究需求选择合适的方法。详细步骤包括RNA-seq对齐、RepeatMasker、FGENESH预测以及maker的配置和运行。
使用maker软件，注释一个maizegdb上没有的玉米基因组。
没有使用EVM的原因是过于繁琐，需要一步步调整，费事儿。
尤其是EVM流程里面PASA更新，很多软件用conda安装的无法使用，少很多库，建议自己下载手动安装。
每个课题需求不同，建议多看文献，选择适合自己所研究物种的方法。
00_install softwares
#1. RNA-seqconda install fastpconda install hisat2 conda install samtoolsconda install stringtieconda install gffread#2.基因组重复序列屏蔽conda install -c bioconda repeatmasker#3. 从头预测#本次使用的FGENESH为收费软件，可使用GeneMarkHMM, Augustus, #SNAP, GlimmerHMM, Genscan等代替#EVidenceModeler-1.1.1，FGENESHPIPE_7.2.2-x86_64-linux#4.maker进行注释conda install maker#如果想利用maker进行EVM流程的整合，需要特定的版本01_RNA-seq aligment
利用转录本进行预测的可靠性最高，所以应该尽量收集多的RNA-seq</
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