constrain用法_Constraint的介绍与用法

作者: 吴炜坤

一、Constraint的介绍

1.1 什么是Constraint？

在Rosetta中，限制是对能量函数的附加项。通常限制势会被用于对几何结构打分，或则其它结构的特性(如序列氨基酸比例，净电荷总值等测量值，不能被能量函数评估)。通常我们会根据实验信息来对结构进行有偏估值。

Constraint的工作原理: 根据使用的限制函数不同，生成惩罚项，而这些惩罚项相当于乘以给能量函数乘以一个权重因子，使得如果结构偏移了我们所限制的范围，那么它的能量将比在范围内的结构更高。在实际运算时，需要根据具体的限制参数对打分函数特别的项赋予对应的权重。

1.2 几何限制文件的基本格式

用于描述和限制原子间的几何关系，几何限制参数由限制类型(距离，键角，二面角等)以及限制函数(CIRCULARHARMONIC、HARMONIC等)组成。

几何限制参数的编写是逐行添加的。逻辑关系为'或'。

Constraint_Type1 Constraint_Def1

Constraint_Type2 Constraint_Def2

1.2.1 几何限制类型(Constraint_Type)AtomPair:

AtomPair Atom1_Name Atom1_ResNum Atom2_Name Atom2_ResNum Func_Type Func_Def

score term: atom_pair_constraint

限制Atom1和Atom2之间的距离。

NamedAtomPair

NamedAtomPair Atom1_Name Atom1_ResNum Atom2_Name Atom2_ResNum Func_Def

score term: atom_pair_constraint

限制Atom1和Atom2之间的距离。NamedAtomPair以非数字的形式储存限制类型，因此当Pose中的原子数量改变时，依然可以正确地限制对应的原子对。可能会降低计算性能。如果你知道你的原子总数不会改变，那么避免使用。

Angle

Angle Atom1_Name Atom1_ResNum Atom2_Name Atom2_ResNum Atom3_Name Atom3_ResNum Func_Type Func_Def

score term: angle_constraint

限制向量(Atom2_Atom1)和向量(Atom2_Atom3)之间的角度。角度以弧度表示。

NamedAngle

NamedAngle Atom1_Name Atom1_ResNum Atom2_Name Atom2_ResNum Atom3_Name Atom3_ResNum Func_Type Func_Def

score term: angle_constraint

限制向量(Atom2_Atom1)和向量(Atom2_Atom3)之间的角度。角度以弧度表示。NamedAngle以非数字的形式储存限制类型，因此当Pose中的原子数量改变时，依然可以正确地限制对应的原子对。可能会降低计算性能。那么避免使用。

Dihedral

Dihedral Atom1_Name Atom1_ResNum Atom2_Name Atom2_ResNum Atom3_Name Atom3_ResNum Atom4_Name Atom4_ResNum Func_Type Func_Def

score term: dihedral_constraint

二面角的测量顺序为: Atom1->Atom2->Atom3->Atom4, 范围为 -pi ——> pi。(因此pi->-pi的转变不能被正确描述)

DihedralPair

DihedralPair Atom1_Name Atom1_ResNum Atom2_Name Atom2_ResNum Atom3_Name Atom3_ResNum Atom4_Name Atom4_ResNum Atom5_Name Atom5_ResNum Atom6_Name Atom6_ResNum Atom7_Name Atom7_ResNum Atom8_Name Atom8_ResNum Func_Type Func_Def

score term: dihedral_constraint

用于限制一对二面角。Atom1->Atom2->Atom3->Atom4 and Atom5->Atom6->Atom7->Atom8 这两个二面角的限制参数相同。

CoordinateConstraint

CoordinateConstraint Atom1_Name Atom1_ResNum[Atom1_ChainID] Atom2_Name Atom2_ResNum[Atom2_ChainID] Atom1_target_X_coordinate Atom1_target_Y_coordinate Atom1_target_Z_coordinate Func_Type Func_Def

score term: coordinate_constraint

用于限制Atom1的坐标为所设置的XYZ。而Atom2是用于作为对照，观察Atom1是否发生了运动。支持PDB编号。

LocalCoordinateConstraint

LocalCoordinateConstraint Atom1_Name Atom1_ResNum Atom2_Name Atom3_Name Atom4_Name Atom234_ResNum Atom1_target_X_coordinate Atom1_target_Y_coordinate Atom1_target_Z_coordinate Func_Type Func_Def

score term: coordinate_constraint

用于限制Atom1的坐标为所设置的XYZ。而Atom2/3/4是用于确定坐标系。而非使用原有整体的坐标系。支持PDB编号。

AmbiguousNMRDistance

AmbiguousNMRDistance Atom1_Name Atom1_ResNum Atom2_Name Atom2_ResNum Func_Type Func_Def

score term: atom_pair_constraint

限制Atom1和Atom2之间的距离。与AtomPairConstraint的不同在于Atom的名字是会被使用于识别ambiguous hydrogens。

SiteConstraint

SiteConstraint Atom1_Name Atom1_ResNum Opposing_chain Func_Type Func_Def

score term: atom_pair_constraint

用于限制某个氨基酸与其他链之间的相互作用，常见于对接时进行限制。SiteConstraint是一组模糊的限制用于确定氨基酸是否与其他区域产生了相互作用。

SiteConstraintResidues

SiteConstraintResidues Atom1_ResNum Atom1_Name Res2 Res3 Func_Type Func_Def

score term: atom_pair_constraint

用于限制某个氨基酸与与其他至少与Res2、Res3氨基酸其中之一产生相互作用，常见于对接时使用，或则folding添加限制。

BigBin

BigBin res_number bin_char sdev

score term: dihedral_constraint

限制某个氨基酸的骨架坐落于bin的某个区间。如'ABEGO' bin。

'O'为cis-like的omega angle (-10 to 10 degrees)；用于限制反式构象比较有用。

1.2.2 几何限制函数(Constraint_Def)

常用的限制函数CIRCULARHARMONIC x0 sd (角度专属)

f(x) = (rad(x-x0)/sd)^2 1rad=180/piHARMONIC x0 sd

f(x) = ((x-x0)/sd)^2FLAT_HARMONIC x0 sd tol

f(x) = { 0 x0-tol , x0-tol < x< x0+tol

​ = { ((x-x0)/sd)^2 , x< x0-tol; x> x0+tol

width parameter: sdBOUNDED lower_bound upper_bound sd rswitch(0.5) tag

f(x) = { ((x-lb)/sd)^2 , x< lb

​ = { 0 , lb<= x <=ub

​ = { ((x-ub)/sd)^2 , ub < x <= ub + rswitch.sd

​ = { (x-(ub+rswitch·sd))/sd + (rswitch·sd/sd)^2, ub+rswitch·sd < xGAUSSIANFUNC mean sd tag WEIGHT weight **

高斯型函数，WEIGHT相当于加了个额外的权重因子。IDENTITY 【常用】

f(x) = xSQUARE_WELL x0 depth

f(x) = { 0 , x>=x0

​ = { depth , x

f(x) = { 0 , x0-width < x < x0+width

​ = { depth , x<=x0-width; x>=x0+widthLINEAR_PENALTY x0 depth width slope

f(x) = { depth , x0-width <= x <= x+width

​ { depth + slope·(abs(x-x0) - width) , abs(x-x0) > widthSIGMOID x0 m

S型曲线。x0是S型曲线的中心所在，m是斜率。最大值和最小值被固定为0.5

f(x) = (1/(1+exp(-m·( x-x0 ))) - 0.5KARPLUS A B C D x0 sd

f(x) = ((Acos(x + D)^2 + Bcos(x + D) + C - x0)/sd)^2TOPOUT weight x0 limit

f(x) = weight * limit^2 * ( 1 - e^( -(x-x0)^2/limit^2 ) )FADE lb ub d wd [ wo ]

SPLINE description histogram_file_path experimental_value weight bin_size角度专属限制函数(略)AMBERPERIODIC x0 n_period k(角度专属)

OFFSETPERIODICBOUNDED offset period lb ub sd rswitch tag(角度专属)

CHARMMPERIODIC x0 n_period k(角度专属)

CIRCULARSIGMOIDAL xC m o1 o2(角度专属)

CIRCULARSPLINE weight [36 energy values](角度专属)

PERIODICBOUNDED period lb ub sd rswitch tag (角度专属)

类似于 BOUNDED 函数，但是会在 -period/2 to +period/2 进行周期性循环。

拟合型的限制函数SCALARWEIGHTEDFUNC weight Func_Type Func_Def

f(x) = weight * Func_Type(x, Func_Def)

相当于给某一个限制函数添加一个新的权重。SUMFUN