dds提取工具_转录组分析工具之 DESeq2

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转录组分析介绍

转录组分析是目前应用最广的高通量测序分析技术之一。常见设计是不同样品之间比较，寻找差异基因、标志基因、差异剪接和新转录本，并进行结果可视化、功能注释和网络分析等。转录组分析流程通常包括数据质控、过滤、序列比对、转录本拼接(可选)、表达定量(相关性分析)、差异基因表达分析、KEGG分析、GO分析、lncRNA分析、SNP和indels位点分析等等。

转录组分析流程

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DESeq2工具介绍

DESeq2是转录组分析中用于进行差异基因表达分析的工具。基本原理是基于负二项分布模型，适用于有生物学重复的不同条件的样本之间寻找差异基因。寻找差异基因是转录组分析中非常重要的一环。因此，掌握DESeq2的使用也是非常重要的。

DESeq2的作者：Michael Love, Simon Anders, Wolfgang Huber

DESeq2的安装：

首先确认安装了DESeq2的前置R包：

S4Vectors

stats4

BiocGenerics

parallel

IRanges

GenomicRanges

GenomeInfoDb

SummarizedExperiment

Biobase

DelayedArray

matrixStats

然后我们进入R语言(3.6版本以上)，执行如下命令:

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

   install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("DESeq2")

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DESeq2的使用

使用DESeq2前，我们需要准备两个文件：co