bam获取序列_Jbrowse安装和序列、bam、vcf配置

最近做了一个关于基因开发的项目，要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示，类似统计图的东西。废话不说上图(表示表达不出来0.0)！

先说下Jbrowse这个东西吧，一句话：一个简单的，便携式依靠javascript的基因组浏览器。没用过觉得挺高大上的，难度挺高。实际上用过之后觉得也就是那回事，没多少难度，很容易上手。因为我是在虚拟机上边访问，用的是linux系统，所以这里我以linux为版本简述一遍：

1.安装

与其说是安装我还是觉得下载比较好。为什么？实际上也就是下载一个文件，文件夹里面拥有很多的js和conf配置文件，用web浏览器访问基因浏览器的时候加载这些配置，完成基因浏览器的显示效果。

首先在虚拟机下建立一个存放jbrowse的文件夹

找到一个版本获取他的下载链接

wget -c 下载链接

下载好一般就是在你当前的文件夹里面，找到他进行解压

unzip 文件名称

解压好后进入解压好的目录中，然后执行

./setup.sh

如果你可以在界面模式下访问虚拟机。你也可以直接进入到解压好的文件夹里面，找到index.html打开它。如果可以 看到如下图所显示，恭喜你，安装成功了。

如果你是用的黑窗口来访问虚拟机的。可以在虚拟机上安装一个tomact，把Jbrowse放到tomact的webapps来访问。

2.处理数据文件

jbrowse可以展示大多数基因文件，但是基因文件是经过处理后才能展示的。我只说下bam和vcf的处理方法

第一步：在你加压后的文件夹内建立一个文件夹file

madir file

在file下建立seqfiles文件夹中放你需要导入的参考序列。

fasta file/seqfiles/**.fa

如果导入过参考序列后，又有新的序列需要导入，首先将配置文件中的参考序列删除，同时将产生的seq文件夹删除，将新的序列和之前的序列合并为一个fasta文件，再重新导入。

在新建的file文件夹下面会出现一个新的trackList.json文件。里面的内容是：

{"tracks":[

{

"chunkSize" : 20000,

"storeClass" : "JBrowse/Store/Sequence/StaticChunked",

"urlTemplate" : "seqfiles/seq_1/{refseq_dirpath}/{refseq}-",

"category" : "Reference sequence",

"type" : "SequenceTrack",

"label" : "DNA",

"key" : "Reference sequence"

}

],"formatVersion":1}

在之前打开的页面链接上边加上条件data=file,选中左边seq,点击上边放大按钮显示如下,既添加成功

第二部：在file里面建立一个新的bamfile，把需要的bam文件放进去

只有sort的bam文件才能显示出来,所以：

samtools sort file.bam (bam文件名) file.sorted (生成file.sorted.bam文件)

sort后进行index：

samtools index file.sorted.bam (生成file.sorted.bam.bai文件)

然后在file文件夹下面的trackList.json文件中添加红色字体部分：

{"tracks":[

{

"chunkSize" : 20000,

"storeClass" : "JBrowse/Store/Sequence/StaticChunked",

"urlTemplate" : "seqfiles/seq_1/{refseq_dirpath}/{refseq}-",

"category" : "Reference sequence",

"type" : "SequenceTrack",

"label" : "DNA",

"key" : "Reference sequence"

},

{

"storeClass" : "JBrowse/Store/SeqFeature/BAM",

"urlTemplate" : "./bamfile/file.sorted.bam",

"label" : "file.sorted.bam",

"category" : "BAM",

"key" : "file.sorted.bam",

"type" : "JBrowse/View/Track/Alignments2"

},

{

"storeClass" : "JBrowse/Store/SeqFeature/BAM",

"urlTemplate" : "./bamfile/file.sorted.bam",

"label" : "file.bam.sorted.bam_coverage",

"category" : "BAM",

"key" : "file.bam.sorted.bam_coverage",

"type" : "JBrowse/View/Track/SNPCoverage"

}

],"formatVersion":1}

刷新之前打开的页面,页面左边有明显的变化(出现红色边框圈起来的部分，选中它们)，展示信息出现了(这里我这边已经把bam和vcf加好了，不要在意这些细节0.0),如果没有展示信息出现,尝试把头部Help下方的红色框往左边移动试试,可能是你的数据只是一部分，是截断过的。

第三部：在file文件夹下面建立一个vcffile文件夹，把vcf文件放进去

bam文件需要sort和index后才能展示，同样，vcf文件需要压缩和index后才能展示

bgzip file.vcf (得到vcf文件的压缩文件*.vcf.gz后，会删除原文件,做好保留原文件的操作)

tabix-p vcf file.vcf.gz (对*.vcf.gz文件做好index后,得到*.vcf.gz.tbi文件)

在file下面的trackList.json中做好vcf的配置,添加下面红色字体部分(因为我的vcf文件是个错误的文件,就不展示页面了)

{"tracks":[

{"chunkSize" : 20000,"storeClass" : "JBrowse/Store/Sequence/StaticChunked","urlTemplate" : "seqfiles/seq_1/{refseq_dirpath}/{refseq}-","category" : "Reference sequence","type" : "SequenceTrack","label" : "DNA","key" : "Reference sequence"},

{"storeClass" : "JBrowse/Store/SeqFeature/BAM","urlTemplate" : "./bamfile/file.sorted.bam","label" : "file.sorted.bam","category" : "BAM","key" : "file.sorted.bam","type" : "JBrowse/View/Track/Alignments2"},

{"storeClass" : "JBrowse/Store/SeqFeature/BAM","urlTemplate" : "./bamfile/file.sorted.bam","label" : "file.sorted.bam_coverage","category" : "BAM","key" : "file.sorted.bam_coverage","type" : "JBrowse/View/Track/SNPCoverage"},

{"storeClass" : "JBrowse/Store/SeqFeature/VCFTabix",

"urlTemplate" : "./vcffile/file.vcf.gz",

"type" : "JBrowse/View/Track/CanvasVariants",

"category" : "VCF",

"key" : "file.vcf",

"label" : "file.vcf"}

],"formatVersion":1}

Jbrowse学习：