devtools安装_Chipseq分析1: 软件安装

参考生信技能树

创建名为chipseq的软件环境来安装chip分析的软件

conda create -y -n  chipseq  python=3# -y可以不询问你是否要创建小环境# 创建小环境成功，并成功安装python3版本# 每建立一个小环境，安装一个python=3的软件作为依赖

列出当前有哪些环境

conda info --envs

激活chipseq环境

conda activate chipseq

安装软件

conda install -y sra-tools  conda install -y trim-galore  samtoolsconda install -y deeptools homer  memeconda install -y macs2 bowtie bowtie2

conda install -y multiqc fastq

conda install -y bwa

可以看到小环境目录下，我们安装的软件名

ls ~/miniconda3/envs/chipseq/bin |less

R包准备

deeptools

library(devtools)options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))install.packages("devtools",                 repos="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")

# 值得注意的是Y叔的包检查会有版本的问题，包括 ChIPseeker                              library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) library(TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene) library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene) library(ChIPpeakAnno) library(ChIPseeker)BiocManager::install(c('ChIPpeakAnno','ChIPseeker'))BiocManager::install('TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene',                        ask=F,suppressUpdates=T)BiocManager::install('TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene',                        ask=F,suppressUpdates=T)BiocManager::install('TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene',                        ask=F,suppressUpdates=T)