CHIP下游分析（仅ChIPseeker包）

最新推荐文章于 2024-01-25 16:44:18 发布
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这个下游数据是来源自己上周分析的上游。。。。

01.ChIPseeker安装

BiocManager::install("ChIPseeker")
library(ChIPseeker)

02.准备或构建基因组注释库
使用现有的

library(org.Hs.eg.db)

或者自己构建一个，指定gff3注释文件即可，小袁这里用的是gtf

library(GenomicFeatures)
spompe <- makeTxDbFromGFF('gencode.v33.annotation.gtf')

03.注释ChIP-seq的峰位置（单个bed文件的注释）

library(ChIPseeker)
peak <- readPeakFile('Xu_MUT_rep1_summits.bed')
peakAnno <- annotatePeak(peak, tssRegion = c(-3000, 3000
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CHIP-seq流程学习笔记（6）-peak注释软件ChIPseeker
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参考文章： Y叔叔公众号 我的第一次ChIP-seq实践 学习一遍ChIPseeker的使用 使用R包ChIPseeker实现对ChIP-seq peaks的注释 1. 输入数据的说明 作了ChIP-seq试验，经过初步下机处理并比对参考基因组之后，获得了目标蛋白在基因组区域的结合峰位置。接下来就需要对峰位置进行注释，获得这些峰结合在了哪些基因上，位于基因的上下游还是内部，以便了解目标蛋白的功能。 对ChIP-seq峰的结合位置进行注释需要使用上面peak calling产生的结果中的bed文件。 bed
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这一次讲解非常重要的peak注释，注释在ChIPseeker里只需要用到一个函数annotatePeak，它可以满足大家各方面的需求。 输入 当然需要我们上次讲到的BED文件，ChIPseeker自带了5个BED文件，用getSampleFiles()可以拿到文件的全路径，它返回的是个named list，我这里取第4个文件来演示。annotatePeak的输入也可以是GRanges对象，你如果用R做peak calling的话,直接就可以衔接上ChIPseeker了。 require(ChIPseeke
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