CHIP下游分析(仅ChIPseeker包)

这个下游数据是来源自己上周分析的上游。。。。

01.ChIPseeker安装

BiocManager::install("ChIPseeker")
library(ChIPseeker)

02.准备或构建基因组注释库
使用现有的

library(org.Hs.eg.db)

或者自己构建一个,指定gff3注释文件即可,小袁这里用的是gtf

library(GenomicFeatures)
spompe <- makeTxDbFromGFF('gencode.v33.annotation.gtf')

03.注释ChIP-seq的峰位置(单个bed文件的注释)

library(ChIPseeker)
peak <- readPeakFile('Xu_MUT_rep1_summits.bed')
peakAnno <- annotatePeak(peak, tssRegion = c
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