差异分析结果的各种通路富集分析和可视化作图

0.与该教程相关的前情回顾

0.1 OmicsTools的安装使用和R语言分析环境的配置教程

教程地址：OmicsTools的R语言分析环境配置教程效果示意图-CSDN博客文章浏览阅读2.1k次，点赞25次，收藏37次。我开发了一款本地电脑无限使用的零代码生信数据分析作软图神器电脑软件OmicsTools，欢迎大家使用OmicsTools进行生物医学科研数据分析和作图，该软件件能让大家在不需要任何编程和代码编写的基础上，分析次数没有限制，可以无限使用，让您在自己的电脑上快速进行大量的生信分析和加速大家的科学研究。软件下载。_omicstoolshttps://blog.csdn.net/qq_40073899/article/details/139143993 

0.2 GEO数据挖掘从数据下载处理质控到差异分析全流程分析步骤指南

教程地址： GEO数据挖掘从数据下载处理质控到差异分析全流程分析步骤指南_geo数据下载及分析-CSDN博客文章浏览阅读1.4k次，点赞22次，收藏27次。大家看了我整个GEO分析流程的系统讲解视频+每个模块的实操讲解视频+每个模块的演示数据，这样下来基本上一天就能精通GEO的全流程分析，并能快速用自己的GEO测序数据或公共数据库下载的GEO数据在自己的电脑上跑完GEO分析的全部流程。包括但不限于GEO数据挖掘的全流程零代码一键分析软件神器OmicsTools在我的github仓库zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库中大家可以下载安装进行各种生信分析和可视化作图。_geo数据下载及分析https://blog.csdn.net/qq_40073899/article/details/140425630

0.3 差异分析的结果各种热图，火山图，箱式图可视化作图教程

教程地址： 差异分析的结果各种热图，火山图，箱式图可视化作图教程-CSDN博客文章浏览阅读343次，点赞5次，收藏6次。大家看了我整个GEO分析流程的系统讲解视频+每个模块的实操讲解视频+每个模块的演示数据，这样下来基本上一天就能精通GEO的全流程分析，并能快速用自己的GEO测序数据或公共数据库下载的GEO数据在自己的电脑上跑完GEO分析的全部流程。包括但不限于GEO数据的全流程零代码一键分析软件神器OmicsTools在我的github仓库zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库中，大家可以下载安装进行各种生信分析和可视化作图。https://blog.csdn.net/qq_40073899/article/details/140497527 

1. GO和KEGG通路富集分析

1.1 差异分析结果文件的go和kegg通路富集分析

分析教程和结果解读的教学视频（分析前必看）

该节教程: https://www.bilibili.com/video/BV1Ff421X7Fj/

分析窗口

分析结果

结果文件列表

GO通路富集分析结果图

KEGG通路富集分析结果图

1.2 一组基因列表的go和kegg通路富集分析

该节教程: https://www.bilibili.com/video/BV1Zw4m1Y7WY/

1.3 分析像铁死亡等某些通路marker基因在go,kegg富集的哪些通路里

该节教程: https://www.bilibili.com/video/BV1CZ421H7u3/

1.4 可视化go和kegg富集到的指定的生物学过程和信号通路

该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV1Tf421X7CA/

可视化出go和kegg富集结果中跟糖代谢有关的通路

可视化出go和kegg富集结果中跟脂代谢有关的通路

1.5 使用go和kegg导入指定通路数据集来富集指定的生物学通路

该节教程: https://www.bilibili.com/video/BV1KS411K7ma/

1.6 查看一组基因或某个通路的一组marker基因哪些有差异表达

该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV1yw4m1i7pz/

从自噬通路marker所有marker基因中提取出有差异的一组基因列表

2. GSEA富集分析

2.1 GSEA富集分析

该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV1XM4m1z7SJ/

2.2 将多个GSEA富集结果绘制在一张图中

该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV1Rw4m1i7Ux/

3. GSVA/ssGSEA富集分析

3.1 GSVA/ssGSEA每个样本的富集分数计算

该节教程:https://www.bilibili.com/video/BVVM4m1672M/

3.2 GSVA/ssGSEA富集得分矩阵的可视化作图

3.2.1 GSVA/ssGSEA富集得分矩阵热图绘制展示

视频教程:https://www.bilibili.com/video/BV13m421g7wv/

3.2.2 GSVA/ssGSEA富集得分矩阵的批量差异分析

该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV1Lw4m1q71T/

3.2.3 差异分析的箱式图作图

该节教程:https://www.bilibili.com/video/BV1oZ421M7sL/

3.2.4 GSVA/ssGSEA富集得分矩阵跟基因表达的相关性分析