lammps输出的模型导入MS

对于lammps处理后的结果，有时需要使用material studio进一步处理。这就需要将lammps输出的data格式文件转换为material studio可识别的pbd格式文件。

 一、lammps2pbd的perl脚本

下载地址：ch2lmp · lammpshttps://c4science.ch/source/lammps/browse/lammm-master-deprecated/tools/ch2lmp/;311d2b0a0c89a1392898edf160adff8b3f8d5c1a

 二、脚本运行

将lammps2pbd.pl和待转换的data文件放在同一目录下，在终端输入以下命令运行perl脚本：

perl lammps2pbd.perl polymer

data转换得到pbd
标题

注意事项： 

1. 待转换文件必须以.data为后缀。
2. 系统需安装了perl。
3. 该脚本只适用于单个data文件的转换，输出的xyz轨迹只能转换第一帧。

data文件必须严格安装以下格式，少了空行都会warn。

LAMMPS output created by EMC v9.4.4, build Jul 27 2022 18:02:20

        2537  atoms
        2620  bonds
        4383  angles
        5782  dihedrals
        1980  impropers

          13  atom types
          21  bond types
          36  angle types
          47  dihedral types
          31  improper types

             0    32.20872041  xlo xhi
             0    32.20872041  ylo yhi
             0    32.20872041  zlo zhi

Masses

       1   12.01115  # c
       2   12.01115  # c-
       3   12.01115  # c_1
       4   12.01115  # coh
       5   12.01115  # cp
       6    1.00797  # hc
       7    1.00797  # hn
       8    1.00797  # ho
       9   14.00670  # na
      10   15.99940  # o_1
      11   15.99940  # o_2
      12   15.99940  # oc
      13   15.99940  # oh

Atoms

       1       1   1 -0.1590   3.9167460897  29.9124798924  26.4495921508  # c
       2       1   6  0.0530   4.4668555485  29.3398957854  27.2085961450  # hc
       3       1   6  0.0530   4.8432465634  30.0677905283  25.8268582113  # hc
       4       1   6  0.0530   3.2843661864  29.1461965108  25.9534782900  # hc
       5       1   5  0.0000   3.2140351917  31.1890535103  26.9647453646  # cp
......

Bonds

       1       2       1       5  # c,cp
       2       3       1       2  # c,hc
       3       3       1       3  # c,hc
       4       3       1       4  # c,hc
       5      17       5       6  # cp,cp
......

三、MS调整

在MS中打开pbd文件，发现缺失了双键和模拟盒子。

 build-build crystal中，可以建立与data文件中一样的盒子。

calculate bond可以对缺失的键进行补全