对于lammps处理后的结果,有时需要使用material studio进一步处理。这就需要将lammps输出的data格式文件转换为material studio可识别的pbd格式文件。
一、lammps2pbd的perl脚本
二、脚本运行
将lammps2pbd.pl和待转换的data文件放在同一目录下,在终端输入以下命令运行perl脚本:
perl lammps2pbd.perl polymer
注意事项:
- 待转换文件必须以.data为后缀。
- 系统需安装了perl。
- 该脚本只适用于单个data文件的转换,输出的xyz轨迹只能转换第一帧。
data文件必须严格安装以下格式,少了空行都会warn。
LAMMPS output created by EMC v9.4.4, build Jul 27 2022 18:02:20
2537 atoms
2620 bonds
4383 angles
5782 dihedrals
1980 impropers
13 atom types
21 bond types
36 angle types
47 dihedral types
31 improper types
0 32.20872041 xlo xhi
0 32.20872041 ylo yhi
0 32.20872041 zlo zhi
Masses
1 12.01115 # c
2 12.01115 # c-
3 12.01115 # c_1
4 12.01115 # coh
5 12.01115 # cp
6 1.00797 # hc
7 1.00797 # hn
8 1.00797 # ho
9 14.00670 # na
10 15.99940 # o_1
11 15.99940 # o_2
12 15.99940 # oc
13 15.99940 # oh
Atoms
1 1 1 -0.1590 3.9167460897 29.9124798924 26.4495921508 # c
2 1 6 0.0530 4.4668555485 29.3398957854 27.2085961450 # hc
3 1 6 0.0530 4.8432465634 30.0677905283 25.8268582113 # hc
4 1 6 0.0530 3.2843661864 29.1461965108 25.9534782900 # hc
5 1 5 0.0000 3.2140351917 31.1890535103 26.9647453646 # cp
......
Bonds
1 2 1 5 # c,cp
2 3 1 2 # c,hc
3 3 1 3 # c,hc
4 3 1 4 # c,hc
5 17 5 6 # cp,cp
......
三、MS调整
在MS中打开pbd文件,发现缺失了双键和模拟盒子。
build-build crystal中,可以建立与data文件中一样的盒子。
calculate bond可以对缺失的键进行补全