go kegg_KEGG数据本地化，再也不用担心网络问题了

背景

KEGG.db的包自2011年后不再更新，clusterprofiler做KEGG分析的时候，可以使用KEGG提供的API对所需物种信息进行获取，但是KEGG的服务器有时候会断网，这对我们批量进行数据分析的时候，会发生错误而分析中断。另外，目前我们在云上使用docker是无法联网的(不是云平台的原因)。因此我需要自己自备数据分析来获得更为全面正确的分析结果。

KEGG.db基本信息查看

> library("KEGG.db")
> ls("package:KEGG.db") #
 [1] "KEGG"             "KEGG_dbconn"      "KEGG_dbfile"      "KEGG_dbInfo"      "KEGG_dbschema"   
 [6] "KEGGENZYMEID2GO"  "KEGGEXTID2PATHID" "KEGGGO2ENZYMEID"  "KEGGMAPCOUNTS"    "KEGGPATHID2EXTID"
[11] "KEGGPATHID2NAME"  "KEGGPATHNAME2ID" 
> columns(KEGG.db)
Error in columns(KEGG.db) : object 'KEGG.db' not found
> # columns(org.Hs.eg.db) # show colums in .db
> # columns(KEGG.db) # Error in columns(KEGG.db) : object 'KEGG.db' not found
> # available.dbschemas()
> frame = toTable(KEGGPATHID2EXTID)
> head(frame)
  pathway_id gene_or_orf_id
1   hsa00232             10
2   hsa00983             10
3   hsa01100             10
4   hsa00230            100
5   hsa01100            100
6   hsa05340            100

> frame = toTable(KEGGPATHID2NAME)
> head(frame)
   path_id                                path_name
1 hsa00010             Glycolysis / Gluconeogenesis
2 hsa00020                Citrate cycle (TCA cycle)
3 hsa00030                Pentose phosphate pathway
4 hsa00040 Pentose and glucuronate interconversions
5 hsa00051          Fructose and mannose metabolism
6 hsa00052                     Galactose metabolism

> class(KEGGPATHID2EXTID)
[1] "AnnDbBimap"
attr(,"package")
[1] "AnnotationDbi"

ls("package:KEGG.db")返回的结果是一些AnnObObj (Bimap objects)。是一种老的AnnotationDbi的interface，现在已经不怎么建议使用了。现在推荐使用select方法(columns()、cols()、keytypes()等)。

生成简易版KEGG.dbR包的代码

0. 最终的目录结构如下：

KEGG(目录，手动创建)
├── DESCRIPTION(文件，手动创建)
├── inst(目录)
│   └── extdata(目录)
│       └── KEGG.sqlite(文件，通过代码生成)
├── LICENSE(文件，手动创建)
├── NAMESPACE(文件，手动创建)
└── R(目录，手动创建)
    └── zzz.R(文件，手动创建)

1. DESCRIPTION文件

参考2011版本的KEGG.db来写：

Package: KEGG.db
Title: KEGG.db for KEGG enrichment analysis.
Description: KEGG.db for KEGG enrichment analysis.
Version: 1.0
Author: xxx 
Maintainer: xxx 
Depends: R (>= 2.7.0), methods, AnnotationDbi (>= 1.44.0)
Imports: methods, AnnotationDbi
Suggests: DBI
License: BSD
License_restricts_use: yes
biocViews: AnnotationData, FunctionalAnnotation

2. LICENSE文件

参考2011版本的KEGG.db来写：

Free for academic use. Non-academic users are requested to obtain a license agreement with KEGG.

3. NAMESPACE文件

参考2011版本的KEGG.db来写：

import(methods)
import(AnnotationDbi)

### Only put what is statically exported here. All the AnnObj instances
### created at load time are dynamically exported (refer to R/zzz.R for
### the details).
export(
    KEGG,
    KEGG_dbconn,
    KEGG_dbfile,
    KEGG_dbschema,