1、升级gcc及其环境设定
参见前文:https://www.toutiao.com/i6803130182224839180/
2、升级Cmake工具
参见前文:https://www.toutiao.com/i6803135181008929294/
3、安装FFTW工具
参见前文:https://www.toutiao.com/i6803138150689407499/
4、gromacs2020.1安装
tar -xvf gromacs-2020.1.tar.gz
cd gromacs-2020.1
mkdir build
cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH=/root/gromacs/fftw338
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/root/gromacs/gromacs-2020.1 -DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/gcc-6.4.0/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/gcc-6.4.0/bin/g++
其中/usr/local/gcc-6.4.0为gcc升级后的地址
后面的是装GPU的加
-DGMX_GPU=ON -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda -DGMX_SIMD=AVX2_256
注意:gcc升级后必须要加-DCMAKE_C_COMPILER=/usr/local/gcc-6.4.0/bin/gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=/usr/local/gcc-6.4.0/bin/g++
make
make install
5、gedit ~/.bashrc或者vi ~/.bashrc
在末尾加入
source /root/gromacs/gromacs-2020.1/bin/GMXRC
然后保存。source ~/.bashrc
输入gmx -version,看看是否输出了GROMACS的相关信息。
6、最后将ATB的力场文件拷贝至gromacs2020.1里/root/gromacs-2020.1/gromacs/share/gromacs/top里。