Centos7安装Gromacs2020

         作为一枚刚进入计算化学的小白，最近几天经历万般折磨，终于在centos7上成功安装Gromacs2020.5。特此记录一下安装过程中遇到的巨坑。PS:ubuntu对小白是真的友好，安装Gromacs完全不会遇到下面的坑。

1、Gromacs需要的库

 Cmake、FFTW、cuda_toolkit、gcc、gromcs安装包。各种库的安装过程在此不赘述，直接开始遇到的坑。

2、gcc，cmake

2.1问题一

目前能搜到的centos7安装gromacs的教程，基本上是安装gromacs18版（没看到教程中遇到此问题）。Gromacs2020版需要Cmake3.0以上，gcc5.0以上，但是centos7自带cmake2.8版本，gcc4.几版本（忘了，不好意思），在进行gromacs安装命令 cmake .. -D.... 时就会出现问题 

请先自行安装cmake3.0，gcc8.0版本。

出现此问题是因为cmake3时，没有使用gcc8.0。

解决办法：通过-DCMAKE_CXX_COMPILER和-DCMAKE_C_COMPILER指定gcc版本

-DCMAKE_CXX_COMPILER=gcc安装路径/g++
-DCMAKE_C_COMPILER=gcc安装路径/gcc


which gcc #查找gcc路径 gcc8.0版本

2.2问题二

原因：新安装的gcc没有覆盖旧版本的gcc动态库

解决办法： 用最新的libstdc++.so.6替换旧的/usr/lib64/libstdc++.so.6：

strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBC #查看旧版本libstdc++.so.6

find / -name libstdc++.so.6 #查看新版本libstdc++.so.6

#可疑的目录
/usr/local/lib64/libstdc++.so.6

strings /usr/local/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBC #检查了一下/usr/local/lib64目录下的动态库，应该有报错信息里缺少的GLIBC CXXABI的版本

#覆盖旧版本的动态库
cd /usr/lib64
rm -rf libstdc++.so.6
cp /usr/local/lib64/libstdc++.so.6 ./

 解决办法转载自：https://blog.csdn.net/na_beginning/article/details/53413997?utm_source=blogxgwz7&ops_request_misc=&request_id=&biz_id=102&utm_term=gcc%E5%8D%87%E7%BA%A7%E4%B9%8B%E5%90%8EGLIBCXX&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~sobaiduweb~default-1-.first_rank_v2_pc_rank_v29&spm=1018.2226.3001.4187

祝大家都能顺利安装上gromacs!