r 行名相同的放在一行_R 热图绘制之 ComplexHeatmap（一）

ComplexHeatmap 的简单应用

ComplexHeatmap 包提供了一种高度灵活的方式来排列多个热图，并支持各种图形注释。

1.R 包安装

###R包ComplexHeatmap安装
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ComplexHeatmap")

2. 数据示例

这是一个由 edgeR R 包处理获得的差异基因表达数据，行是差异基因，列是样本，最后三列分别是log2FoldChange,pvalue和校正后的 p 值 padj。

3. 代码

# 加载 R 包 ComplexHeatmap
library(ComplexHeatmap)

# ----读取表达谱数据和提取样本数据----
# 读入差异表达数据
data "casevscontrol_DEGs.xls",sep="\t",header = T,stringsAsFactors = F)

# 获得上调的基因的表达
# %>% 为管道操作符，并用 dplyr 包中的函数进行数据筛选和提取
Up % dplyr::filter(log2FoldChange > 1)

# 获得下调的基因的表达
Down % dplyr::filter(log2FoldChange 1