超详细的R语言热图之complexheatmap系列（6）

最新推荐文章于 2024-09-25 01:00:00 发布
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后记

complexheatmap包详细介绍系列终于迎来了最后一篇！

目前全网应该找不到比我的这一系列更加详细的中文版complexheatmap包介绍了，希望大家多多转发、点赞、在看！

前面的8篇内容详细介绍了complexheatmap包的各种使用方法，包括热图主体、注释条、图例、拼图、各种细节的设置等，还介绍了瀑布图，单个单元格中上下小三角的热图等。掌握了这些内容，各种SCI中常见的热图不在话下，希望大家都能多发文章，多中课题！

你以为complexheatmap只是一个能画热图的包吗？那你真是小瞧它了！

包的作者内置大量的其他函数和功能，下面展示一下此包可以画的其他类型图形，如果有需要的小伙伴，可以去官网学习！

集合图（venn图的变种）

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富集分析结果可视化

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密度图

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堆叠汇总图

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3D热图！

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染色体基因组

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医学和生信笔记
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使用ComplexHeatmap包绘制热图
2301_79326559的博客
08-19 463
默认情况下，ComplexHeatmap会自动选择颜色映射方案，并根据矩阵中的最小值和最大值来确定颜色的范围。默认情况下，ComplexHeatmap会自动选择颜色映射方案，并根据矩阵中的最小值和最大值来确定颜色的范围。ComplexHeatmap还提供了许多其他选项，如调整图例、调整热图尺寸等，可以根据需要进行进一步的调整。ComplexHeatmap还提供了许多其他选项，如调整图例、调整热图尺寸等，可以根据需要进行进一步的调整。接下来，我们可以使用ComplexHeatmap包的函数来创建热图。
R 语言分组聚类的热图
Mrrunsen的博客
01-27 5341
应该是会经常遇到这样的热图，就是说它的聚类情况无法与分组信息吻合。 其实这个并不是错了，是因为用于聚类的行（选出的这部分基因）的表达模式在两组之间没有明显区别。 只要改变基因数量，或者换一组基因，聚类树就有可能变得和分组吻合。 假如你尝试换了很多次还是没有办法让它们变得吻合，那就取消聚类。直接使用热图的参数cluster_cols = F即可。 图就会变成： 取消了列聚类，那么热图列的顺序就会按照矩阵列的顺序排布了。那当样本数量多起来的时候，组内的数据规律就无法清晰的展示。 所以会需要组..
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使用R语言绘制层次聚类热图
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R语言绘制热图——pheatmap_宁生信-CSDN博客_r语言热图pheatmap: Pretty Heatmaps——Implementation of heatmaps that offers more control over dimensions and appearance.library(pheatmap)#创建数据集test测试矩阵test = matrix(rnorm(200), 20, 10)test[1:10, seq(1, 10,https://blog.csdn.net/sinat
R语言绘制热图
weixin_47634487的博客
11-08 214
【代码】R语言绘制热图。
R语言：pheatmap R包做聚类分析热图
qq_50522851的博客
12-22 2252
1.原始数据表1： 表1 原始数据 gene A B C D E gene1 0.034 0.351 0.064 0.367 0.063 gene2 0.037 0.11 0.056 0.127 0.05 gene3 0.011 0.113 0.013 0.106 0.025 gene4 0.021 0.073 0.016 0.078 0.
r 行名相同的放在一行_R 热图绘制之 ComplexHeatmap（一）
weixin_39992462的博客
12-10 707
ComplexHeatmap 的简单应用ComplexHeatmap 包提供了一种高度灵活的方式来排列多个热图，并支持各种图形注释。1.R 包安装###R包ComplexHeatmap安装if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::...
R语言热图complexheatmap脚本
12-29
R语言使用Bioconduct中的complexheatmap包的实用热图脚本，各部分都有注释
R语言：使用ComplexHeatmap包绘制热图
shirley10969的博客
08-29 6111
ComplexHeatmap包由顾祖光博士创建，用于绘制美观的热图，用颜色表示数据的聚合程度，相对美观。 使用手册见GitHub链接： https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/ 使用RStudio进行绘制 目标图形为河流底泥重金属的聚类分析热图，绘制流程如下： 1、安装相应package 2、正确导入数据，形成初始图 3、调...
r语言热图太大卡死怎么办_R语言学习 – 热图绘制 (heatmap)
weixin_28965851的博客
01-12 2572
热图绘制热图是做分析时常用的展示方式，简单、直观、清晰。可以用来显示基因在不同样品中表达的高低、表观修饰水平的高低等。任何一个数值矩阵都可以通过合适的方式用热图展示。本篇使用R的ggplot2包实现从原始数据读入到热图输出的过程，并在教程结束后提供一份封装好的命令行绘图工具，只需要提供矩阵，即可一键绘图。上一篇讲述了Rstudio的使用作为R写作和编译环境的入门，后面的命令都可以拷贝到Rstudi...
科研绘图系列：R语言分组热图（heatmap）
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科研绘图系列：R语言分组热图（heatmap）
R 数据可视化 —— 聚类热图 ComplexHeatmap(一)
dxs18459111694的博客
11-20 4593
使用pheatmap已经能够绘制满足大多数要求的聚类热图了。受pheatmap包的启发，提供了对热图更多更灵活的控制，如多数据热图的排列比较以及多种图形注释等。下面我们详细介绍包热图主体默认是由不同颜色填充的矩形框组成，我们姑且称之为单元格。我们可以使用cell_fun和layer_fun参数来自定义主体的图形样式cell_fun用于绘制每个单元格，layer_fun是其矢量化的版本，cell_fun使用简单，layer_fun执行速度快，样式多。
超详细的R语言热图之complexheatmap系列（3）
医学和生信笔记的博客
05-07 2445
包的一大特色就是可以同时绘制多个热图，本章主要介绍水平排列的热图，垂直排列的热图原理与此类似，会在后面简要介绍。单列热图有时在将可以显示的热图列表连接起来时很有用，例如，如果行是基因，则基因的类型（即是否编码蛋白质）可以表示为一列字符矩阵，而差异表达分析的p值或倍数变化可以表示为一列数字矩阵，并连接到主热图。对于多个热图来说，每个小热图的注释条高度是不一样的，但是使用。这里的标题是表示全局标题，也包括行标题和列标题，需要借助。除了热图之间可以排列，热图和注释条之间也可以排列。包会自动调整，使其高度一致。
R中高效安装包，以ComplexHeatmap包为例
Bio大恐龙
07-09 5779
R语言高效安装包方法，以ComplexHeatmap为例。详细介绍了install.packages()安装原理以及安装失败的原因，提供了BiocManager安装包的方法。
超详细的R语言热图之complexheatmap系列（4）
医学和生信笔记的博客
05-07 2536
熟悉几个常用函数及参数后，剩下的就是各种排列组合，可以尽情发挥你的想象力。
超详细的R语言热图之complexheatmap系列（1）
医学和生信笔记的博客
01-14 2万+
欢迎关注我的公众号：医学和生信笔记 本系列是对ComplexeHeatmap包的学习笔记，部分内容根据自己的理解有适当的改动，但总体不影响原文。如有不明之处，以原文为准。原文请见：ComplexHeatmap Complete Reference 第一章 简介 复杂热图可用于展示同一个数据集或不同数据集之间的关系或揭示内部规律。ComplexHeatmap包可提供灵活的热图展示及高度自定义的注释图形。 1.1 设计理念 一个完整的热图由热图主体和热图组件构成。热图主体可以被分为不同的行和...
跟着 Nature Communication 学作图 | 热图+格子注释(通路富集相关)
weixin_45822007的博客
08-19 1617
heatmap_anotate今天我们复现一幅2021年6月发表在nature communications上的热图。Title：Molecular determinants of response to PD-L1 blockade across tumor typesDOI：https://doi.org/10.1038/s41467-021-24112-w之前复现过的热图：跟着 Cell 学...
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R语言之热图
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04-21 6382
什么叫热图？ 简单来说，热图是一种3维数据的可视化图，将数值映射到两个因子型变量中，可以让你在一个矩阵数据中，一眼找到最大的值和最小的值。 示例： 在这样的一个矩阵中，如此多的数据，相信你无法在短时间内获知这个数据的大小情况，接下里让我们将这个数据用热图展示出来，看看可视化之后的结果。 怎么画热图？ pheatmap包 本文采用R语言进行绘制 1.环境设置 rm(list=ls())#环境设置，清理环境中的变量 install.packages('pheatmap')#安装热图所需的R包 require
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