分子动力学模拟软件_分子模拟软件Discovery Studio教程(十八)：同源建模后模型的评估...

Discovery Studio™ (简称DS)是专业的生命科学分子模拟软件，DS目前的主要功能包括：蛋白质的表征（包括蛋白-蛋白相互作用）、同源建模、分子力学计算和分子动力学模拟、基于结构药物设计工具（包括配体-蛋白质相互作用、全新药物设计和分子对接）、基于小分子的药物设计工具（包括定量构效关系、药效团、数据库筛选、ADMET）和组合库的设计与分析等。

上期的教程中，利刃君为大家带来基于蛋白序列构建同源蛋白模型的教程。模型构建完成后，还需对模型进行评估与优化，以获取可靠的同源蛋白模型。这里利刃君就为大家带来借助Discovery Studio 与UCLA-DOE的SAVES服务器对模型进行评估的教程。

1 DS评估

在Discovery Studio中主要通过Ramachandran plot 和Profile-3D两方面对同源蛋白模型进行评估。

1.使用Ramanchandran Plot 评估模型

• 拉氏图是通过蛋白中非键合原子间最小接触距离来评价两个相邻肽单位骨架构象的合理性，并以此表示蛋白中允许和不允许的构象，位于不允许区的氨基酸数应小于氨基酸总数的5％。

导入需评估的蛋白结构后，从主菜单中，选取Chart>Ramachandran Plot，即可显示该