MIMIC-IV数据库视图扩展1:入ICU后的首次测量的生命体征
一、首次测量的生命体征
MIMIC-IV的first_day_vitalsign视图中提供了第一天测量的生命体征指标的最小、最大值与平均值,但是并没有提供视图供查询患者入ICU后首次测量的指标。
很多文章在提取变量的时候用到的都是患者入ICU后首次测量的值,为了方便大家提取这类数据,小编扩展了MIMIC-IV视图的代码,增加了首次测量的部分生命体征、实验室指标、体重等指标的物化视图。
今天给大家介绍的是生命体征指标视图,视图中涉及到的指标如下表所示
二、配置视图
1. 配置MIMIC-IV数据库官方视图
没有配置好MIMIC-IV官方视图的小伙伴,可以参考上一篇MIMIC-IV数据库视图一键配置
2. 一键获取首次测量的生命体征视图代码
联系小编即可
3. 创建索引
由于chartevents表所含数据量庞大,为了加快查询速度,在Navicat下执行下列SQL为chartevents表增加索引
CREATE INDEX idx_item_01 ON mimic_icu.chartevents (itemid);
4. 运行代码
5. 生成视图
漫长的等待后,首次测量的生命体征视图便生成了
三、代码解析(选读,供大家参考)
经过上述两步,首次测量的生命体征视图就已经安装好了,考虑到有些小伙伴可能需要其他首次测量的生命体征指标,小编在下面以心率为例给大家解析一下代码
1. d_items表获取心率的itemid:220045
-- 这里用到 ~* ,而不是like %heart rate%模糊查询
-- 是因为 ~* 不用区分大小写
select * from mimic_icu.d_items where label ~* 'heart rate';
2. 查找入ICU患者所有心率指标,按照测量时间排序,存入临时视图hr
create view hr AS(
select ce.subject_id,
ce.stay_id,
ce.charttime,
-- 以下这句SQL来源于官方获取心率的代码。意思是0<心率<300则保留源数据,否则设为空值NULL
CASE
WHEN ((ce.itemid = 220045) AND (ce.valuenum > (0)::double precision) AND (ce.valuenum < (300)::double precision)) THEN ce.valuenum
ELSE NULL::double precision
END AS heart_rate,
-- 这行代码的意思是以stay_id分组,然后以charttime升序,生成排名列chart_order
row_number() over (PARTITION by stay_id ORDER BY charttime) as chart_order
FROM mimic_icu.chartevents ce
WHERE ce.itemid = 220045)
3. 从hr中提取第一次测量的指标,存为视图ft_hr
create view ft_hr AS(select * from hr where chart_order = 1)
4. 与icustays连表
select ie.subject_id,ie.stay_id,
t2.heart_rate as first_time_heart_rate
from mimic_icu.icustays ie left join ft_hr t2 using (stay_id)
5. 合并上述代码
可以利用WITH创建子查询,使代码更优雅
-- 对应第2步
WITH hr AS
(select ce.subject_id,
ce.stay_id,
ce.charttime,
CASE
WHEN ((ce.itemid = 220045) AND (ce.valuenum > (0)::double precision) AND (ce.valuenum < (300)::double precision)) THEN ce.valuenum
ELSE NULL::double precision
END AS heart_rate,
row_number() over (PARTITION by stay_id ORDER BY charttime) as chart_order
FROM mimic_icu.chartevents ce
WHERE ce.itemid = 220045
),
-- 对应第3步
ft_hr AS(select * from hr where chart_order = 1)
-- 对应第4步
select ie.subject_id,ie.stay_id,
t2.heart_rate as first_time_heart_rate
from mimic_icu.icustays ie left join ft_hr t2 using (stay_id)