R包下载问题解决1

factoextra包解决
windows情况下

# 清空环境
rm(list=ls())

# 安装包并加载包
# 使用k-means聚类所需的包：factoextra和cluster 
site="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN"
package_list = c("factoextra","cluster")
for(p in package_list){
  if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){
    install.packages(p, repos=site)
    suppressWarnings(suppressMessages(library(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))
  }
}

centos情况下需要先安装一些文件
安装curl-devel（非常重要！否则无法进行RCurl包的安装，进而无法安装devtools）

sudo yum install -y curl-devel

另外还有如下安装也需要

sudo yum -y install openssl-devel

sudo yum -y install libcurl libcurl-devel

安装R的RMySQL包碰到的问题

yum install -y mysql-server mysql-devel mysql-lib

sudo yum install mariadb-devel mysql-devel

再执行

# 清空环境
rm(list=ls())

# 安装包并加载包
# 使用k-means聚类所需的包：factoextra和cluster 
site="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN"
package_list = c("factoextra","cluster")
for(p in package_list){
  if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){
    install.packages(p, repos=site)
    suppressWarnings(suppressMessages(library(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))
  }
}

rgl包的centos安装

yum install gcc gcc-c++ 

yum install gcc-gfortran

yum install readline-devel

yum install libXt-devel

yum install fonts-chinese tcl tcl-devel tclx tk tk-devel

yum install mesa-libGLU mesa-libGLU-devel（不然装不了神器rgl，当然不用的同学可以不装）

ubuntu安装方法

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("rgl")

sudo apt-get install xorg 
sudo apt-get install libx11-dev 
sudo apt-get install libglu1-mesa-dev 

sudo apt-get install libfreetype6-dev

四种R包下载方式
第一种方式，当然是R自带的函数直接安装包

nstall.packages("ape")  ##直接输入包名字即可
Installing package into ‘C:/Users/jmzeng/Documents/R/win-library/3.1’
(as ‘lib’ is unspecified)  ##一般不指定lib，除非你明确知道你的lib是在哪里
trying URL 'http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/bin/windows/contrib/3.1/ape_3.4.zip'
Content type 'application/zip' length 1418322 bytes (1.4 Mb)
opened URL   ## 根据你选择的镜像，程序会自动拼接好下载链接url
downloaded 1.4 Mb

bioconductor的包

source("http://bioconductor.org/biocLite.R") ##安装BiocInstaller
#options(BioC_mirror=”http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/“) 如果需要切换镜像
biocLite("ggbio")
或者直接BiocInstaller::biocLite('ggbio') ## 前提是你已经安装好了BiocInstaller
某些时候你还需要卸载remove.packages("BiocInstaller") 然后安装新的

第二种方式，是直接找到包的下载地址

packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_0.9.1.tar.gz"
packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/gridExtra/gridExtra_0.9.1.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")
#packageurl <- "http://www.bioconductor.org/packages/2.11/bioc/src/contrib/ggbio_1.6.6.tar.gz"
#packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_1.0.1.tar.gz"
install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")

第三种是，先把包下载到本地，然后安装

download.file("http://bioconductor.org/packages/release/bioc/src/contrib/BiocInstaller_1.20.1.tar.gz","BiocInstaller_1.20.1.tar.gz")
##也可以选择用浏览器下载这个包
install.packages("BiocInstaller_1.20.1.tar.gz", repos = NULL)
## 如果你用的RStudio这样的IDE，那么直接用鼠标就可以操作了
或者用choose.files()来手动交互的选择你把下载的源码BiocInstaller_1.20.1.tar.gz放到了哪里。

第四种是：命令行版本安装

如果是linux版本，命令行从网上自动下载包如下：
sudo su - -c \
"R -e \"install.packages('shiny', repos='https://cran.rstudio.com/')\""
如果是linux，命令行安装本地包，在shell的终端
sudo R CMD INSTALL package.tar.gz
window或者mac平台一般不推荐命令行格式，可视化那么舒心，何必自讨苦吃