安装Bioconductor包和加载DESeq2包的报错问题解决

1. 旧方法（3.5以上R版本-不能用）
#错误1: Error in file(filename, “r”, encoding = encoding) : cannot open the connection In addition: Warning message: In file(filename, “r”, encoding = encoding) : InternetOpenUrl failed: ‘操作超时’。
#解决1: 换镜像/网速问题。
#错误2: With R version 3.5 or greater, install Bioconductor packages using BiocManager; see https://bioconductor.org/install
#解决2: 按以下新方法安装Biocondutor

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")     
biocLite("DESeq2")  

2. 新方法（3.5以上R版本用）
#若运行失败：也是镜像/网速问题，换一个镜像即可。

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))   
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.11")
BiocManager::install("DESeq2")

#其他错误：
运行BiocManager::install(version = “3.11”)出现以下错误，导致bioconductor的包安装和加载失败。

报错内容：

BiocManager::install(version = “3.11”)
报错：Bioconductor version 3.11 (BiocManager 1.30.10), R 4.0.3 (2020-10-10)
Error in readRDS(dest) : 读取链结时发生了错误

BiocManager::install(“DESeq2”)
报错：Bioconductor version 3.11 (BiocManager 1.30.10), R 4.0.3 (2020-10-10)
Installing package(s) ‘DESeq2’
Warning: package ‘DESeq2’ is in use and will not be installed
Error in readRDS(dest) : 读取链结时发生了错误

解决方法：使用以下方法更新BiocManager包

library(BiocManager)
BiocManager::install(version = "3.11")

3. 加载DESeq2看是否安装成功

library(DESeq2)