CentOS7安装FSL，FreeSurfer

1. 安装FSL
   1） 下载py文件
   网址：https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fslinstaller.py ，打开网址填写相关资料后下载python文件
   
   2） 安装
   打开终端，进入root状态下后，运行以下指令（其中“/home/user/下载”可以替换为其他包含“fslinstaller.py”文件的位置）：
   cd /home/user/下载
   默认是安装在“usr/local”文件夹下，如果想安装到其他文件夹下，可以运行以下代码（此处假设安装到“/run/media/user/HGST1/software/”）

   cd /home/user/下载 -d /run/media/user/HGST1/software

等待系统自动下载并安装完成，安装后可能会提示“如果要使用FSLeyes需要安装libpng12以及以及libmn”，在终端中运行以下指令安装libpng12以及libmn，如果没提示则不用安装

yum install libpng12 libmn

3） 设置环境变量
安装完后在终端中输入FSL 仍旧无法打开软件，这时需要设置环境变量，运行以下命令：

vim ~/.bash_profile

点击“i”进入编辑模式，在文件最后加入以下文字：

FSLDIR=/run/media/user/HGST1/software/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH

如下图所示：

然后点击"esc"后输入“：wq”退出，最后运行：

source ~/.bash_profile

然后在终端中输入fsl即可打开软件，如下图所示

2. 安装FreeSurfer
1） 下载安装包
链接：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/6.0.0/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz
安装后，运行以下指令（其中“/home/user/下载”可以替换为其他包含安装包的位置）：

cd /home/user/下载
然后运行：
tar -C /usr/local -xzvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz
2）设置环境变量
同样地，安装完成后需要设置环境变量，运行以下命令：

vim ~/.bash_profile

在文件最后加入以下文字（最后）：

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

如下图所示：

保存后运行：

source ~/.bash_profile

重启电脑后在终端中输入freesurfer即可查看当前版本信息（如下图所示），后续处理中可以调用freesurfer的函数。
3） 获得license文件
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html
在网址中填写基本信息后下载license.txt文件，然后把文件粘贴到安装路径下（如：/usr/local/freesurfer）
安装完成！