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安装FSL
1) 下载py文件
网址:https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads/fslinstaller.py ,打开网址填写相关资料后下载python文件
2) 安装
打开终端,进入root状态下后,运行以下指令(其中“/home/user/下载”可以替换为其他包含“fslinstaller.py”文件的位置):
cd /home/user/下载
默认是安装在“usr/local”文件夹下,如果想安装到其他文件夹下,可以运行以下代码(此处假设安装到“/run/media/user/HGST1/software/”)cd /home/user/下载 -d /run/media/user/HGST1/software
等待系统自动下载并安装完成,安装后可能会提示“如果要使用FSLeyes需要安装libpng12以及以及libmn”,在终端中运行以下指令安装libpng12以及libmn,如果没提示则不用安装
yum install libpng12 libmn
3) 设置环境变量
安装完后在终端中输入FSL 仍旧无法打开软件,这时需要设置环境变量,运行以下命令:
vim ~/.bash_profile
点击“i”进入编辑模式,在文件最后加入以下文字:
FSLDIR=/run/media/user/HGST1/software/fsl
. ${FSLDIR}/etc/fslconf/fsl.sh
PATH=${FSLDIR}/bin:${PATH}
export FSLDIR PATH
如下图所示:
然后点击"esc"后输入“:wq”退出,最后运行:
source ~/.bash_profile
然后在终端中输入fsl即可打开软件,如下图所示
2. 安装FreeSurfer
1) 下载安装包
链接:https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/6.0.0/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz
安装后,运行以下指令(其中“/home/user/下载”可以替换为其他包含安装包的位置):
cd /home/user/下载
然后运行:
tar -C /usr/local -xzvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz
2)设置环境变量
同样地,安装完成后需要设置环境变量,运行以下命令:
vim ~/.bash_profile
在文件最后加入以下文字(最后):
export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
如下图所示:
保存后运行:
source ~/.bash_profile
重启电脑后在终端中输入freesurfer即可查看当前版本信息(如下图所示),后续处理中可以调用freesurfer的函数。
3) 获得license文件
https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html
在网址中填写基本信息后下载license.txt文件,然后把文件粘贴到安装路径下(如:/usr/local/freesurfer)
安装完成!