FreeSurfer 安装（Ubuntu20.04）

1.下载freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz

2.sudo mv freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz /usr/local

3. cd /usr/local

   sudo tar xzvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz

4.提前下载好license（官方申请：https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/registration.html）

   sudo touch dreesurfer/license.txt

   sudo su

   cd /usr/local/freesurfer

   gedit license.txt

5.配置环境变量

   sudo gedit /ect/profile

   sudo gedit /ect/bash.bashre

   export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer

   source  $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

6.使用

   在需要处理的MRI目录出打开终端

   export SUBJECTS_DIR=/home/hannah/data/xx（结果保存路径）

   recon-all -i ./xx/mri.nii.gz -s result -all

   (-i 输入需要处理的MRI路径，-s输入保存结果的文件名，处理一例大概3到4小时）

    脚本批量处理

#!/usr/bin/bash
export SUBJECTS_DIR=/home/hannah/data/PETMR/ZHONGZHONG/

file_path=/home/hannah/data/PETMR/**/data/new_mri_1

for file in $file_path/*

  do
    echo ${file}
    recon-all -i $file -s $file -all
  done

#!/usr/bin/bash

file_path=/home/hannah/data/PETMR/**/freesurfer
out_path=/home/hannah/data/PETMR/**/mask/

declare -i num=0
#brain=/mri/brain.mgz
#mri=/mri/T1.mgz
mask=/mri/aseg.mgz

for file in $file_path/*

  do
    num=num+1
    #let num=${num}+1
    #echo ${file}

    #brain_name=${file}${brain}
    #echo ${brain_name}
    
    #out_brain=${brain_path}'brain_'${num}'.nii.gz'
    #echo ${out_brain}
    #mri_convert ${brain_name} ${out_brain}
    
    #mri_name=${file}${mri}
    #out_mri=${mri_path}'mri_'${num}'.nii.gz'
    #echo ${mri_name}
    #mri_convert ${mri_name} ${out_mri}
    
    mask_name=${file}${mask}
    out_mask=${out_path}'mask_'${num}'.nii.gz'
    echo ${mask_name} ${out_mask}
    mri_convert ${mask_name} ${out_mask}
    
  done
  
echo $num