根据药物名找华法林的代谢通路并可视化KGML文件

2021年2月4日  汇报

一、根据药物名找华法林的代谢通路

（1）如图所示，在KEGG Drug 数据库首页输入华法林的英文名 “warfarin”。 

（2）如图所示，返回三条搜索结果，第一个是华法林钾，第二个是华法林钠，第三个是我们要的华法林。

 （3）点击 “D08682” ，如图所示显示的是华法林的信息，其中Target、Pathway表示药物的靶标对应的人类基因和这些靶标参与的通路。华法林的作用靶点为VKORC1和NQ01，对应基因为KO5357、KO0355。

注：数据库每一个字段表示

（4）点击pathway标识符 hsa00130 ，就会显示出VKORC1和NQ01靶标参与的通路，如红色框标注所示。

华法林作用的靶点基因为VKORC1和NQ01，EC号分别为1.6.5.2、1.17.4.4

NQ01基因：

 VKORC1L1基因：

 

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二、可视化KGML文件

（1）下载华法林对应通路图的KGML文件，也就是XML文件，通路为 hsa00130 

（2）安装可视化工具，如 Mapman、Cytoscape、Circos，参考 https://www.sohu.com/a/340403920_732029

查阅资料可知，Cytoscape支持的数据格式有kgml，也即xml，因此这里选择安装该可视化工具，其余两个工具还未调研。

Cytoscape是免费的用于绘制网络的软件，官网为https://cytoscape.org/，但是国内用户下载速度堪忧，并且很可能容易中断，所以需要去找破解版。

这里我找到了3.7.0版本的安装包，百度云盘自提：链接：https://pan.baidu.com/s/1Zd8c-lLZc8xwdwhzzjDNtw      提取码：2vgb 

教程参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/220527695

（3）根据图示步骤安装插件CytoKEegg，用于从Cytoscape导入KEGG通路图。

（4）从Cytoscape导入KEGG通路图的方法

方法一：

① 安装Cytoscape 3.7.0的CytoKegg插件，点击CytoKegg 中的“Browse Pathways”，在出现的窗口中选择“Homo sapiens”，然后点中需要导入的通路，点击“Select”。导入若干通路后，合并各通路。将合并的通路通过File—Export—Network导出，选择“XGMML files”，导出的文件最终是xml后缀。注意：合并各通路时需要把各通路中的subnetwork删除。

② 打开Cytoscape 3.7.0，按顺序点击菜单栏的File—Import—Network(Multiple File Types)，Data Source Type选择“local”，导入上一步保存的xml文件。加载完毕后将会看到网络图，但图中各节点可能没有label，此时可将此网络保存（保存格式为cys），然后再打开，如果还是没有label，在Cytoscape的VizMapper中设置Node Label 为“ID”，Mapping Type设为Passthrough Mapping。

方法二：

① 进入KEGG网站，点进KEGG PATHWAY Database页面，输入对应的通路名称并搜索，根据结果点击符合的通路图进入，Reference Pathway选择Homo Sapiens，此时上方将会有Download KGML项，点击下载此通路的xml文件。

② 安装Cytoscape 3.7.0的插件KEGGscape，安装好之后便可通过File—Import—Network—File…加载上一步保存的xml文件。