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RSS订阅翻译 Advanced machine-learning techniques in drug discovery
尊敬的各位乘客: 您好！您所搭乘的本次2020列车即将到站，请您抓紧时间收拾自己的回忆，准备下车，不要留下遗憾，本次列车将永不返航。那趁着2020年结束还有几天，赶紧冲一波业绩，话不多说，论文读起。题目：Advanced machine-learning techniques in drug discovery检索号：https://doi.org/10.1016/j.drudis.2020.12.003参考文献格式：The popularity of machine learning.
2020-12-28 20:58:36
939
原创 Ubuntu18.04下的一些常用小命令
【注：笔记于2019年10月4日记录在OneNote里的，现在把它们迁移到CSDN里。】##################################################################一、查看ubuntu中安装的python路径> 方法1：在终端输入命令：whereis python> 方法2：在终端输入命令：which python二、查看Ubuntu中安装的python版本号方法1：> 查看python2版本：...
2020-12-22 23:22:29
360
原创 Ubuntu18.04下实现网上批量下载后缀名为pdb.gz的文件
【注：笔记于2019年10月31日记录在OneNote里的，现在把它们迁移到CSDN里。】PDBTM的网址：http://pdbtm.enzim.hu/data/database/下载目录中 能够使用通配符匹配的文件。命令如下： wget-c -r -np -k -L -p -A'*.pdb.gz' http://pdbtm.enzim.hu/data/database/ wget-c -r-np -k-L -p-A'*.pdb.gz' ...
2020-12-22 23:12:19
863
原创 Ubuntu18.04+BLAST环境下安装Swiss-Prot和UniRef（二）
【注：笔记于2019年10月7日记录在OneNote里的，现在把它们迁移到CSDN里。】（1）安装Swiss-Prot1.准备安装包先去uniprot官网下载uniprot_sprot安装包（.fasta格式的）：https://www.uniprot.org/【注：可以通过wget直接下载在服务器指定的文件夹下】2.解压上传下载到本地以后解压，把文件（只要文件夹下面的文件）拷贝到服务器 /usr/local/blast/db目录下3.安装打开终端界面，切换到 ...
2020-12-22 23:07:44
1726
原创 Ubuntu18.04下安装blast+（一）
【注：笔记于2019年10月6日记录在OneNote里的，现在把它们迁移到CSDN里。】1.配置环境：Ubuntu18.042.下载BLAST软件到本地桌面在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATESET/下下载安装包：ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz。注：或者通过wget直接下载到服务器指定的目录3.解压到本地桌面4.通过Xftp在 /usr/local/ 目录下...
2020-12-22 23:00:57
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原创 Ubuntu18.04服务器注意事项
【注：笔记于2019年10月7日记录在OneNote里的，现在把它们迁移到CSDN里。】1.Ubuntu默认是没有ssh服务的，且ssh服务没有开机启动，需要安装和设置开机自启动，不然一重启服务器就停了。因此我们需要手动设置服务器开机自启动。【参考博文链接可解决这个问题：https://jingyan.baidu.com/article/09ea3ede459728c0aede39f1.html】（1）打开终端（以下操作全都是在root权限下操作的）（2）输入命令"sudo apt -y i
2020-12-22 22:52:10
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原创 Pycharm远程调试设置
注：这个是我研一入学的时候负责阿里云服务器部署的时候，导师要求写一个怎么用pycharm连接服务器并学会本地编辑、远端调试代码的说明文档。写文档时间：2019年10月7日# ========================================================准备工作1.去官网下载Pycharm专业版，社区版没有远程调试功能，要序列号，用学校邮箱注册一个，安装在本地2.去官网下载Python解释器（3.6版本以上）或者Anaconda，安装在本地本机环境
2020-12-22 22:33:50
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原创 编程中遇到的一些奇奇怪怪的问题
（1）python查字典快还是列表快？答：在Python中，字典是通过哈希表实现的。也就是说，字典是一个数组，而数组的索引是键经过哈希函数处理后得到的。哈希函数的目的是使键均匀地分布在数组中。列表是通过偏移读取，字典是通过键，因此字典块。（前提是针对同一问题）...
2020-12-21 09:59:30
510
原创 查看sshd状态时，报“Could not load host key”错误的解决方法
晚上实验室的GPU服务器突然连不上了，MaboXterm提示：The remote unexpectedly shuts down the network connection（远程端意外关闭网络连接）。用‘service ssh status’查看sshd服务运行状态，出现了如图所示的error提示。error：Could not load host key: /etc/ssh/ssh_host_rsa_keyerror：@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
2020-12-19 22:01:04
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转载 Deep Learning学习笔记（一）
小白要开始系统学习深度学习了，计划用时一个月（2020.12.18-2021.01.18）学习任一门知识都应该先从其历史开始，把握了历史，也就抓住了现在与未来———by BryantLJ注：以下全部参考博客https://blog.csdn.net/u012177034/article/details/52252851，由图可以明显看出DL在从06年崛起之前经历了两个低谷，这两个低谷也将神经网络的发展分为了三个不同的阶段，下面就分别讲述这三个阶段。# ===================.
2020-12-18 16:40:26
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原创 学做‘视频剪辑’攻略
作为一个刚踏入视频剪辑大门的小白，不禁有些好奇，我们应该做些什么准备呢，怎样才能避免走入门到放弃的老路？于是去知乎上逛了一圈，开始自己的学习攻略制作。入门一个新领域。离不开的万能学习公式：理论知识→→→安装软件→→→动手实践→→→反复实践。最主要的还得有兴趣和不轻言放弃的坚持，因为兴趣是最好的老师,坚持是最好的见证。❀什么是视频剪辑？视频剪辑是指对加入的图片、背景音乐、特效、场景等素材与视频进行重混合，对视频源进行切割、合并，通过二次编码，生成具有不同表现力的新视频的过程。工欲善其事
2020-12-18 11:11:51
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原创 一个半小时解决GPU服务器TensorFlow的历程
问题是这样产生的：实验室师姐在GPU服务器上跑深度学习代码时报错说没有padas这个模块，于是给她开了sudo权限让她自己pip install一下。然后我就没管了。后来据她说她把padas重新卸载了，然后又重新装了之后，导致keras不能用了。具体什么原因我也不知道，我直接一上服务器就先安装keras，结果发现服务器上已经有keras这个模块了。然后我进入python环境下测试keras和TensorFlow是否能用，但但但就是报了如下所示的错误：查阅资料后发现是服务器GPU的版本
2020-12-15 20:43:04
386
原创 MongoDB的一些常用命令积累
（1）登录MongoDBcqfnenu@BioCompute:~$ mogodb（2）查看有哪些数据库> show dbs（3）删除数据库> use DrugKB> db.dropDatabase()（4）修改数据库名# 修改数据库名,利用dropDatabase,copyDatabase修改Database名称> db.copyDatabase('old_name', 'new_name')> use old_name > .
2020-12-15 11:06:43
110
翻译 Accurate De Novo Prediction of Protein Contact Map by Ultra-Deep Learning Model
题目：Accurate De Novo Prediction of Protein Contact Map by Ultra-Deep Learning Model翻译：基于超深学习模型的蛋白质接触图谱从头精确预测下载链接：https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005324AbstractMotivationProtein contacts contain key information for the understanding of p.
2020-12-13 10:43:59
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原创 Python高级编程技巧实战学习_Day15
学习资源传送门：https://www.bilibili.com/video/BV1b5411s76z?p=26（一）学习内容：如何读写Excel文件（二）解决方案（三）代码#!/usr/bin/env python# -*- coding: utf-8 -*-# @Time : 2020/12/13 10:08# @Author : Qiufen.Chen# @Email : 1760812842@qq.com# @File : process_ex.
2020-12-13 10:24:02
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原创 Python高级编程技巧实战学习_Day14
学习资源传送门：https://www.bilibili.com/video/BV1b5411s76z?p=24（一）学习内容：如何解析简单的xml文档（二）解决方案注：现在有 xmltodict 模块，它是一个用来处理xml数据的很方便的模块。包含两个常用方法parse和unparse。xmltodict速度非常快（基于 Expat），并且具有内存占用量小的流模式，适用于大型 XML 转储（1）parsexmltodict.parse()方法可以将xml数据转为python..
2020-12-13 09:38:21
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原创 Python高级编程技巧实战学习_Day13
学习资源传送门：https://www.bilibili.com/video/BV1b5411s76z?p=23（一）学习内容：如何读写json数据（二）解决方案（三）语法解释JSON(JavaScript Object Notation) 是一种轻量级的数据交换格式。Python的json模块提供了一种很简单的方式来编码和解码JSON数据。 其中两个主要的函数是 json.dumps() 和 json.loads()（1）json.dumps 用于将 Python 对象..
2020-12-13 09:04:52
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翻译 Accurate prediction of protein contact maps by coupling residual two-dimensional bidirectional long
论文题目：Accurate prediction of protein contact maps by coupling residual two-dimensional bidirectional long short-term memory with convolutional neural networks下载链接：https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/23/4039/5040307 orhttps://doi.org/1...
2020-12-11 09:29:25
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翻译 DEEPCON: protein contact prediction using dilated convolutional neural networks with dropout
今天真的要开始正式进入科研状态了，之前一直都进入失败，咳！，那就先来看一篇相关领域的论文吧——————————————————————————————————————————————题目：DEEPCON: protein contact prediction using dilated convolutional neural networks with dropoutdoi: 10.1093/bioinformatics/btz593...
2020-12-09 00:20:40
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原创 （LeetCode）第4题：寻找两个正序数组的中位数
题目描述：4. 寻找两个正序数组的中位数class Solution: def findMedianSortedArrays(self, nums1: List[int], nums2: List[int]) -> float: # 思路：应先熟记python中的除（/），取余（%），取整（//）表示符号 # 1.先计算两个数组的长度 # 2.将两个数组拼接起来，按从小到大的顺序排序 # 3.如果(m+n) ..
2020-12-08 23:29:12
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原创 Python高级编程技巧实战学习_Day12
学习资源传送门：Python高级编程技巧实战_哔哩哔哩 (゜-゜)つロ 干杯~-bilibili（一）学习内容：如何读写CSV数据（二）解决方案（三）代码import csvwith open('pingan.csv', 'rb') as rf: reader = csv.reader(rf) with open('pingan2.csv', 'wb') as wf: wirter = csv.writer(wf) # ..
2020-12-07 23:00:05
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原创 (LeetCode)第118题：杨辉三角
题目描述：118. 杨辉三角给定一个非负整数numRows，生成杨辉三角的前numRows行。class Solution: def generate(self, numRows: int) -> List[List[int]]: # 本题属于动态规划题 # 首先我们先考虑三种特殊情况： # 分别是numRows等于0，1和2 # 其次考虑numRows >=3的情况，也就是每行首...
2020-12-07 22:16:01
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转载 （LeetCode）第3题：无重复字符的最长子串
题目描述：3. 无重复字符的最长子串给定一个字符串，请你找出其中不含有重复字符的最长子串的长度。class Solution: def lengthOfLongestSubstring(self, s: str) -> int: temp = '' length = 0 for i in s: if i not in temp: temp += i..
2020-12-06 22:55:42
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原创 Python高级编程技巧实战学习_Day11
学习视频传送门：Python高级编程技巧实战_哔哩哔哩 (゜-゜)つロ 干杯~-bilibili（一）学习内容：如何对字符串进行左右居中对齐（二）解决方案（三）代码m = max(map(len, d.keys()))for k in d: print(k.ljust(m), ':', d[k])###############################################（一）学习内容：如何去掉字符串中不需要的字符（二）解决方案.
2020-12-06 20:04:16
84
原创 Python高级编程技巧实战学习_Day10
学习资源传送门：Python高级编程技巧实战_哔哩哔哩 (゜-゜)つロ 干杯~-bilibili（一）学习内容：如何将多个小字符串拼接成一个大的字符串（二）解决方案（三）代码①迭代列表，连续使用‘+’操作依次拼接每一个字符串；r1 = ['abc', '123', 'def', '456', 'hig', '789']s1 = ''#方法一：直接相加#弊端：造成浪费；#原因：每进行一次迭代就会产生一个临时的字符串，用过以后就被解释器丢弃，这就意味着大量的字符串co..
2020-12-06 17:09:28
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原创 Python高级编程技巧实战学习_Day09
学习资源传送门：Python高级编程技巧实战_哔哩哔哩 (゜-゜)つロ 干杯~-bilibili（一）学习内容：如何判断字符串a是否以字符串b开图或结尾（二）解决方案（三）代码import os#os模块：系统调用模块#读取某文件夹下所有文件的文件名，以列表形式返回：['文件名1', '文件名2']name_1 = os.listdir('文件路径')# s.endwith((x,x)) 只要满足其中之一就返回name_2 = [x for x in name_...
2020-12-06 16:53:23
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原创 Python高级编程技巧实战学习_Day08
学习资源传送门：Python高级编程技巧实战_哔哩哔哩 (゜-゜)つロ 干杯~-bilibili（一）学习内容：如何拆分含有多种分隔符的字符串（二）解决方案（三）代码①方法一：连续使用str.spilt()方法，每次处理一种分隔符；def mysplit(s, ds): res = [s] for d in ds: t = [] #t.extend(x.split(d))：此处，extend将x.aplit(d)返回的结果的..
2020-12-06 16:21:18
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原创 （LeetCode）第2题：两数相加
题目描述：给出两个非空 的链表用来表示两个非负的整数。其中，它们各自的位数是按照逆序的方式存储的，并且它们的每个节点只能存储一位数字。如果，我们将这两个数相加起来，则会返回一个新的链表来表示它们的和。您可以假设除了数字 0 之外，这两个数都不会以 0开头。——————————————————————————来源：力扣（LeetCode）链接：https://leetcode-cn.com/problems/add-two-numbers——————————————————...
2020-12-05 22:20:47
193
原创 确保MongoDB使用了符合口令复杂度规则的口令
今天登陆阿里云后台监测发现我们的服务器安全评分也太低了吧。然后我进行了一个扫描发现是MongoDB登录账户设置的账号密码太过于简单了。修复操作步骤：1.打开mongodb客户端； 2.执行命令：use admin; 3.登录管理员账户：db.auth("<username>","<password>")； 4.执行命令：use <db_name>，db_name为待修改用户所属的数据库名；5.执行命令：db.updateUser('<..
2020-12-05 16:43:35
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