python 相关性fdr矫正_ALFF数据的双样本t检验的和FDR矫正的问题

1、如果有很强的假设只关心这三个网络，那么，双样本t检验可以只在这三个网络内做。

2a、FDR校正的cluster size，好像是人为定义的，比如10个体素。这与AlphaSim不同。我这个问题不是很专业，我请相关的专家回复。

2b、"另外经过FDR以后，我第一组患者的p值是0.0018501，第二组是0.00021627，这样两组可以比较么？"这句话没太理解。你的这种情况，多重比较校正应该针对双样本t检验的结果进行，与第一组、第二组没有关系。听起来，你似乎对组内进行多重比较校正？进行功能连接的研究，通常需要在组内设置一个阈值并且得到一个mask，但ALFF和ReHo这样的指标，不需要先做单样本t检验。这个网站有相应的讨论，你可以搜索一下。

3、我不清楚你研究的是哪种疾病。尽管resting-state fMRI的研究很多，但coordinate-based meta-analysis(CB-meta)非常少。这样，很难说哪个脑区的异常是大家公认的。相对比较好的两个CB-meta的论文，一是来自于春水教授课题组(Xu et al., 2015)一篇关于精神分裂症的ReHo和ALFF研究，另一篇来自Palaniyappan课题组(Iwabuchi et al., 2015)关于抑郁症的ReHo研究。有意思的是，这两研究都发现感觉运动区和视觉区局部脑活动减低。如果你的课题也是关于抑郁症或者精神分裂症的，视觉区治疗之前减低、治疗之后恢复正常，是一个非常非常好的结果！

[1] Xu Y, Zhuo C, Qin W, Zhu J, Yu C. Altered Spontaneous Brain Activity in Schizophrenia: A Meta-Analysis and a Large-Sample Study. Biomed Res Int. 2015;2015:204628.

[2] Iwabuchi SJ, Krishnadas R, Li C, Auer DP, Radua J, Palaniyappan L. Localized connectivity in depression: A meta-analysis of resting state functional imaging studies. Neurosci Biobehav Rev. 2015 Apr;51:77-86.

4、见问题2b，这样是不可以的。应该在全脑进行统计分析、或者按照问题1在感兴趣的脑区进行比较。

5、这很难说。如问题1，如果你有很强的假设只关心某个网络，需要采用大家公认的选取这个网络的方法做mask。但我个人建议，可以在全脑进行比较。

6、豆状核好像一般不归于limic system。

7、有些网络比较公认，但有些并不那么公认。网上应该有直接下载的。具体地址我不太清楚。