smiles、sdf 小分子可视化展示标记软件DataWarrior、chemdraw；pdf或图片化学分子提取工具StoneMIND | Collector

已于 2023-03-24 11:34:14 修改
阅读量3.3k 收藏 7
点赞数 2
分类专栏： CADD/AIDD 知识点 文章标签： rdkit
于 2022-11-04 15:51:29 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_42357472/article/details/127689711
版权
本文介绍了几种化学分子的可视化和处理工具，包括使用smiles网页接口进行可视化，DataWarrior软件支持结构搜索，ChemDraw用于绘制和保存sdf格式，以及StoneMIND的Collector工具用于从PDF或图片中提取分子。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

1、smiles网页接口可视化

http://hulab.rxnfinder.org/smi2img/

直接替换下列最后的simles就行

http://hulab.rxnfinder.org/smi2img/CCC(=O)OCC/

在这里插入图片描述

2、DataWarrior 可视化软件

参考：https://cdn.modb.pro/db/493167

可以直接读取sdf文件和csv等
在这里插入图片描述

了解本专栏 订阅专栏 解锁全文 超级会员免费看
RDKit | 基于分子指纹可视化化学空间
DrugAI
01-13 4150
根据化学结构可视化化合物空间 方法 计算分子指纹 为每种化合物生成一个指纹并减小其尺寸，以便可以将其绘制在平面上。根据相似性原理，“相似的化合物具有相似的性质”，具有相似结构和性质的化合物应紧密地分布在一个平面上。 尝试使用Morgan指纹。 PCA降维方法 使用主成分分析（PCA）和UMAP进行尺寸缩减。PCA是最常用的方法，但由于...
RDKit|分子输入输出格式解析（如 SMILES、Mol、SDF）
qq_39889473的博客
08-15 705
本节介绍了 RDKit 中常用的分子输入输出格式及其解析方法，包括 SMILES、Mol 文件和 SDF 文件的创建与操作。通过这些示例，你可以掌握如何在 RDKit 中处理不同格式的分子数据，为化学信息学的进一步研究和应用奠定坚实基础。在化学信息学中，分子的表示方式有很多种，常见的包括 SMILES、Mol 文件、SDF 文件等。SMILES 用字符串来描述分子的结构，能够简单、直观地表示分子信息。RDKit 提供了读取 Mol 文件的功能，可以轻松将文件中的分子结构读取为 RDKit 的分子对象。
DataWarrior：一款强大的数据分析和可视化工具
最新发布
gitblog_00396的博客
04-02 770
DataWarrior：一款强大的数据分析和可视化工具 datawarrior Interactive data analysis and visualisation with chemical intelligence 项目地址...
smiles
03-27
smiles
探索化学的可视化魔法：SmilesDrawer 2.0
gitblog_01054的博客
08-23 340
探索化学的可视化魔法：SmilesDrawer 2.0 smilesDrawerA small, highly performant JavaScript component for parsing and drawing SMILES strings. Released under the MIT license.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/smi/...
探索SMILES Drawer：化学分子可视化的新工具
gitblog_00021的博客
04-26 757
探索SMILES Drawer：化学分子可视化的新工具 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/smi/smilesDrawer 在科学研究和药物开发领域中，化学结构的表示方式至关重要。SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System)是一种广泛使用的字符串编码方式，用于描述分子结构。现在，有了Reymond ...
【RDKit】利用RDKit实现有机分子SDF文件与SMILES的相互转换
DJJ5210的博客
11-07 2647
SDF (Structure Data File)是常见的化学数据文件，SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry Specification)是一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范。它们被广泛应用于计算化学，化学信息学等领域。本文将介绍如何使用化学信息学工具RDKit实现这两者的相互转化。
蛋白质FASTA与药物分子SMILES数据集文本数据处理与可视化分析（二）2021SC@SDUSC
chy931088287的博客
12-16 1409
2021SC@SDUSC 接续上文，现在来处理我们DTA任务的数据集（图中数据集来自davis数据集的SMILES部分），可以看到我们的数据集只有一行，并且已经形成一个字典形式，所以要处理我们的数据集，仅仅用到刚刚学习到实例中的方法是不够的，现在解决的关键点在于如何将txt文件中的字典转换到python中的字典 DeepDTA中的加载方式如下： 可见其使用了json对txt文件进行了加载，加载后具体形式目前还不清楚，接下来我们进行实验操作 我们参照上述方式加载SMILES文件，打印发现其类型为Order
小分子SMILES药物设计数据集.zip
02-14
标题中的“小分子SMILES药物设计数据集”指的是一个专门用于药物研发的数据集，其中包含的是用SMILES（Simplified Molecular Input Line Entry System）编码表示的小分子结构信息。SMILES是一种化学语言，它以字符串...
RDKit|分子可视化，定制你的分子图
qq_39889473的博客
09-21 558
在化学信息学和分子设计中，能够以定制化的方式展示分子结构图对于科学研究和数据呈现至关重要。RDKit 提供了多种方法来调整分子图的样式和标签，使得用户可以根据具体需求对分子图进行美化和标注。本节将介绍如何使用 RDKit 自定义分子图的外观，包括修改原子和键的样式、添加注释、调整颜色以及设置其他视觉元素。1 自定义原子和键的颜色通过自定义原子和键的颜色，可以突出显示分子中特定的结构特征或化学性质，这在分析分子结构或展示关键化学基团时特别有用。1.1 自定义原子颜色可以通过。
SDFviewer 打开SDF数据库文件工具
03-20
可以查看,编辑 移动设备上的sqlce数据库sdf文件。
datawrangler
03-29
datawrangler
Global Illumination_SDF Generate & Visualize & Shadow
qq_35312463的博客
01-08 1567
SDF生成与使用源码Demo
SMILES学习笔记
有为肥宅的博客
05-17 3352
SMILES概念、具体规则及示例
sdf
我叫阿东亮
09-04 668
<view class="section"> <view class="section__title">movable-view区域小于movable-area</view> <movable-area style="height: 200px; width: 200px; background: red;"> &amp
化学结构格式SDF的认识
热门推荐
DrugAI
09-04 1万+
第一行：一般作为分子名字，如 Levetiracetam 第二行：注释，ChemDraw06111413562D 第三行：一般是空行 第四行：是原子个数 键的个数等的起始行。 M END所在行结束原子个数 键的个数等信息。 属性1 属性1值 空行 属性2 属性2值 空行 (以四个美元符号结束一个分子的信息存储。) Levetiracetam ChemDraw0...
基于RDKit的Python脚本：SDF格式转SMILES格式
DrugAI
08-04 1万+
RDKit: Open-Source Cheminformatics Software http://www.rdkit.org/ 简化分子线性输入规范（SMILES）是一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范，由David Weininger和Arthur Weininger于20世纪80年代晚期开发，并由其他人，尤其是日光化学信息系统有限公司修改和扩展。 ...
总文件夹下含有多个sdf，批量转换为SMILES并保存到csv中
qiqi985的博客
06-25 1366
python处理数据集
怎么在excel中导入ChemDraw结构图
月亮哥的专栏
09-06 7599
当用户画好ChemDraw结构图的时候，有时需要把它导入到excel中，这个时候往往会用到ChemDraw for Excel，它是一个可以让ChemDraw和Excel文档功能结合的一个组件，方便用户整理和分享工作资料。 下面我们就来给大家介绍介绍怎么在excel中导入ChemDraw 结构图？ 方法一：使用Add按钮 在Excel文档中需要添加ChemDraw结构式的地方右击然后依次选择...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

loong_XL

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值