uniprot蛋白序列数据库,蛋白质结构数据库PDB;pymol pse格式

本文介绍了蛋白质结构数据库PDB,强调了共晶配体在蛋白晶体结构中的角色,并举例说明如何确定真正的配体分子。同时,讨论了PyMOL的PSE格式,解释了它如何保存和还原分子视图的状态。

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https://www.bilibili.com/video/BV1p34y1D77Z

https://www.bilibili.com/video/BV1Xa4y1W7Dx

蛋白质结构数据库PDB

https://www.rcsb.org/
https://www.uniprot.org/

注意点:很多数据含有共晶配体的结构

很多时候,蛋白晶体结构中不只是蛋白,还可能有核酸、多肽、辅酶、小分子化合物(抑制剂、拮抗剂、激动剂、底物)、助溶剂、表面活性剂、金属离子和水分子以及其他分子;除了目标蛋白,可能还有其他蛋白。在PDB数据库的蛋白详情页内有详细记录,我们需要了解各组分是什么物质,各自的作用是什么,哪个是共晶配体。

(蛋白晶体结构中各组分的信息)

一些很小的分子,数量很多的分子,结合在很浅的蛋白表面的分子,通常不会是配体分子(但也有例外)。还有一些名称非常常见的,比如:GOL、ACT、PEG、SO4等等,这些只是蛋白结晶所需要的或者在溶液中存在的分子,不是真正意义上的配体分子。
仍然以4UMX为例,通过查询它的详细记录(https://www.rcsb.org/structure/4UMX),我们了解到NAP是辅酶&

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